KUSZA mula wujud pada 27 Januari 1980 apabila seramai 35 orang pelajar kumpulan pertama diambil belajar di tingkatan empat (4) aliran Sastera (Agama). Kumpulan ini pada mulanya menumpang di Sekolah Menengah Agama (Atas) Sultan Zainal Abidin dan kemudian berpindah ke bangunan sementara di Jalan Hiliran, Kuala Terengganu sehingga tahun 1982. Pada peringkat permulaannya pentadbiran KUSZA diletak di bawah Jabatan Hal Ehwal Agama Terengganu.

Penubuhan KUSZA merupakan satu langkah terhadap usaha meningkatkan taraf pendidikan agama, khususnya kepada rakyat negeri Terengganu Darul Iman. Di antara matlamat utama KUSZA ialah untuk melaksanakan sistem pendidikan Islam yang lebih sistematik, melahirkan tenaga kerja di peringkat separa ikhtisas yang diperlukan oleh sektor awam dan swasta dan meningkatkan perkembangan ummah serta pembangunan masyarakat selaras dengan Islam. Penubuhan KUSZA sebagai sebuah Pusat Pengajian Tinggi Islam adalah berdasarkan kepada enakmen Bilangan 31/1981 yang diluluskan oleh Dewan Undangan Negeri Terengganu pada 22 Ogos 1981. Dengan ini KUSZA dijadikan sebagai sebuah badan berkanun dan mula beroperasi sepenuhnya sebagai badan tesebut pada bulan April 1982. Pada 17 Mac 1981, Duli Yang Maha Mulia Sultan Terengganu, Sultan Mahmud Al Muktafi Billah Shah telah berangkat ke Majlis Perletakan Batu Asas Kampus tetap KUSZA seluas 350 ekar (144 hektar) di Gong Badak, Kuala Terengganu yang terletak kira-kira 15 kilometer dari Bandar Kuala Terengganu. Kampus ini mula digunakan pada Januari 1983 dan menjadi kampus utama KUSZA sehingga ke hari ini. Pada bulan Jun 1982, KUSZA mula menawarkan Program Diploma Pengajian IsLam. Seramai 26 orang calon pertama Diploma Pengajian Islam (Syariah) ini berjaya menamatkan pengajian mereka dan telah menerima Diploma masing-masing daripada Ke bawah Duli Yang Maha Mulia Tuanku Sultan Terengganu di dalam Konvokesyen yang pertama. KUSZA sebagai sebuah institusi pengajian tinggi yang berteraskan Islam sejak penubuhannya hinggalah ke hari ini telah dipimpin oleh 5 orang pengarah, mereka ialah: