ALBIO

Algorithmes pour la bioinformatique

Action spécifique du département STIC du CNRS

 

11 et 12 mars 2002, Montpellier

 

La réunion de l’action STIC-CNRS "Algorithmes pour la bioinformatique" aura lieu les 11 et 12 Mars à Montpellier, dans la salle Renaissance, 3 rue Collot, au centre ville, juste a coté de la place Jean-Jaurès et à 5 mn de la gare. Une liste d'hôtels est disponible sur la page de JOBIM'2000. Il faut vraiment être centre ville, pas loin de la gare, par exemple à l'hôtel du Palais.

Résumés des interventions          Liste des participants

 

PROGRAMME

 

Lundi 11 mars

9 h 00                                Accueil des participants

9 h 15                                Présentation des journées

9 h 30 – 12 h 30                           ORDRE DE GENES (Serge Dulucq, Marie-France Sagot)

o        Le tri de permutations signées, revu et simplifié

Anne Bergeron (IGM, Marne-la-Vallée, et LABRI, Bordeaux)

o        Réarrangements entre génomes avec insertion/délétion de gènes

Martin Figeac (LIFL, Lille)

PAUSE

o        Inférence fonctionnelle par l’analyse du contexte génétique – une application aux transporteurs ABC

Tristan Colombo (ISBM, Marseille)

o        The syntenic distance between genomes

Nadia Pisanti (INRIA Rhône Alpes)

12 h 30 – 14 h 00                         Repas

14 h 00 – 18 h 00                         SEQUENCES REPETEES (Gregory Kucherov, Eric Rivals)

o        Algorithmes de détection de répétitions en tandem

Grégory Kucherov (LORIA, Nancy)

o        Algorithmes de recherche de répétitions distantes dans les génomes

Thierry Lecrocq (LIFAR-ABISS, Rouen)

PAUSE

o        Stratégies de recherche des similitudes de séquences dans des génomes complets

Pierre Vincens (ENS, Paris)

o        Histoire de duplication et séquences répétées en tandem

Eric Rivals (LIRMM, Montpellier)

 

Mardi 12 mars

9 h 15 – 11 h 45                           DECOUVERTE ET RECHERCHE DE MOTIFS (Jacques Nicolas, Mathieu Raffinot)

o        Problèmes et méthodes en découverte de motifs

Jacques Nicolas (IRISA, Rennes)

o        Distances d'arbres pour les ARN

Helene Touzet (LIFL, Lille)

PAUSE

o        Caractérisation de séquences : l'approche inférence grammaticale

Francois Coste (IRISA, Rennes)

o        Alignement de séquences, filtration par q-grams et graphes de de Bruijn - Problèmes ouverts

Pierre Nicodème (CNRS – Génopole d’Evry)

11 h 45 – 12 h 30                         Discussion générale

12 h 30 – 14 h 00                         Repas

14 h 00 – 17 h 30                         ALIGNEMENT (Saïd Abdeddaim, Jean-Stéphane Varré)

o        Alignement multiple et phylogénie

Gilles Parmentier (LID/IMAG, Grenoble)

o        Utilisation de la consistance pour le calcul et l'evaluation d'alignements multiples

Cedric Notredame (IGS, Marseille)

o        Parallélisme et alignement multiple

Frédéric Guinand (LIH, Le Havre)

PAUSE

o        Alignement de structures secondaires d’ARN

Laurent Tichit (LABRI, Bordeaux)

o        Alignement sous-séquentiel

Maxime Crochemore (IGM, Marne La Vallée)

 

Page maintenue par Sylvie Pinloche (pinloche@lirmm.fr)