Lielākā daļa Moluku salu ir kalnainas, izņēmot Tanimbaras un Aru salas, kuras ir zemas un purvainas. Reģionā regulāri notiek zemestrīces, īpaši Ternates salā un Bandas salās, kur atrodas aktīvi vulkāni. Moluku salās valda tropiskais klimats, kur nokrišņu daudzums ir robežās no 2000 līdz 3800 mm gadā. Tikai neliela daļa no salu sauszemes platības ir aramzeme, pārējo daļu klāj lietus mežs. Ir arī atklātas savannas, kā arī salu krastus bieži veido mangrovju purvi. Salas ir pārejas zona starp Āzijas un Austrālijas floru un faunu. Daudzas dzīvnieku un augu sugas ir sastopamas tikai šajā reģionā.
Par Garšvielu salām arhipelāgu nodēvēja eiropieši un ķīnieši, taču šis nosaukums vairāk attiecināms uz Bandas salām, kas vēsturiski pazīstamas ar muskatriekstu audzēšanu.