Navassaeyja er u.þ.b. 5,2 km² að flatarmáli. Hún er staðsett um 160 km sunnan við bandarísku herstöðina við Guantanamo-flóa á Kúbu, og u.þ.b. ¼ leiðarinnar frá Haítí til Jamaíka um Jamaíkasund. Hnit hennar eru 18° 24′0″N og 75° 0′30″V.
Landslag eyjunnar samanstendur fyrst og fremst af berum klettum, en þó er nægilegt graslendi fyrir geitahjarðir.