말루쿠 제도(인도네시아어: Kepulauan Maluku)는 인도네시아의 군도로 말레이 제도의 일부이다. 술라웨시 섬의 동쪽, 파푸아 섬의 서쪽, 티모르 섬의 북쪽에 자리한다.
1950년부터 1999년까지는 제도 전체가 하나의 주였으나, 말루쿠 주와 말루쿠우타라 주로 나뉘었다.
