Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego w Krakowie już w momencie formułowania struktur organizacyjnych i zarządczych w roku 1999, przyjął założenia budowania sprawnej i przyjaznej administracji. Odbywało się to i odbywa w oparciu o takie fundamentalne elementy jak:
- inwestowanie w kapitał ludzki-pracownicy są najcenniejszym zasobem urzędu,
- stosowanie zasad organizacji uczącej (się),
- budowanie przywództwa organizacyjnego,
- wdrażanie nowatorskich rozwiązań zarządczych (zarządzanie przez cele, New Public Management),
- proces konsultowania i uspołeczniania decyzji (partycypacja społeczna),
- współpraca z partnerami zewnętrznymi,
- optymalizacja kosztów działania - budżet zadaniowy.
Wyrazem uznania dla skuteczności stosowanych rozwiązań zarządczych było zakwalifikowanie Urzędu Marszałkowskiego z pierwszą lokatą do Programu Rozwoju Instytucjonalnego finansowanego przez Bank Światowy
W Urzędzie ustanowiony i doskonalony jest Zintegrowany System Zarządzania złożony z konfiguracji następujących systemów:
- Systemu Zarządzania Jakością (ISO 9001) oraz
- Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem Informacji (ISO 27001),
Ponadto utrzymywane są procedury i zapisy spełniające wybrane wymagania: Systemu Przeciwdziałania Zagrożeniom Korupcyjnym (wydanie II), Systemu Zarządzania Środowiskowego (PN-EN ISO 14001:2005), Systemu Zarządzania Bezpieczeństwem i Higieną Pracy (PN-N 18001:2004), których realizacja jest spójna z przyjętym w UMWM modelem zarządzania oraz standardami kontroli zarządczej.