いまの姿は小学1年生。だが、その正体は高校生名探偵“工藤新一”。黒の組織の開発した毒薬によって子供の姿に戻されてしまうが、変わらぬ頭脳と阿笠博士の開発した探偵グッズによって難事件を次々と解決していく。好きな食べ物はレモンパイ。誕生日は5月4日。運動神経は抜群でサッカーは得意だが、音痴。メガネは変装用で目は悪くない。幼なじみの毛利蘭を見守っている。

帝丹高校2年生。卓越した推理力を持つ高校生探偵。「平成のホームズ」の異名をもつ。サッカーの腕前はプロ級。幼なじみの蘭とは相思相愛の仲なのだが告白できないままコナンにされてしまった為、元に戻ったら告白しようと思っている。

工藤新一の幼なじみで同級生の女の子。現在は父小五郎とコナンと3人で暮らしているが、コナンの正体が新一とは知らない。性格は優しくて、明るく活発。高校では空手部のキャプテンを務め、都大会で優勝するほどの腕前。難事件を解決するためという理由でいなくなった新一を心配し、帰ってくることを心待ちにしている。

米花町に事務所を開いているお調子者の探偵。蘭の父親で別居中の妻（妃英理）がいる。コナンの正体である工藤新一のことは娘の幼なじみとしてよく知っているが、自分がコナンに眠らされている間に難事件を解決しているとは全く気付いていない。そのおかげで通称「眠りの小五郎」と呼ばれている。アイドル沖野ヨーコの大ファン。

帝丹小学校1年、コナンのクラスメイトで少年探偵団の一人。好奇心いっぱいで、コナンのことが大好き。

帝丹小学校1年、コナンのクラスメイトで少年探偵団の団長。力持ちでうな重が大好きな食いしん坊。実家は酒屋さん。

帝丹小学校1年、コナンのクラスメイトで自称・少年探偵団の頭脳。歩美と灰原に好意をよせていて、コナンをライバル視している。両親が教師。

黒の組織の一員だった宮野志保（コードネーム＝シェリー）が、組織から逃れる為、自らAPTX4869を飲んで小さくなった姿。父は日本人、母はイギリス人のハーフ。いまはコナンと同じ帝丹小学校に通う。組織を抜けた後、阿笠博士に助けられ現在は博士の家で暮らす。