清國政府決定領有台灣後，對防範官吏與兵隊背叛極為用心，規定往台灣赴任的官吏任期為三年，任期屆滿立即調回中國，並禁止家屬同行。總數約一萬的陸軍和海軍部隊也每三年調動一次，稱為「班兵制」，並禁止由台灣當地募兵。這是害怕因少數民族統治多數民族，在人數居劣勢的情況下，又不得不用漢人，單純以漢治漢是不夠的，因漢人長期駐台會本土化，與台灣居民串通造反，這對滿清政權實在是一大挑戰。
滿清政府在一六四四年推翻了明朝，盤據中國後，對鄭氏王朝採用黃梧的平海五策為指導原則 ，海禁、遷界並行，其意就是要封鎖鄭氏的海上交通，並阻止漢人往來台灣。但是鄭氏投降後，台灣正式被列入滿清版圖，卻反比過去更加嚴厲的禁止漢人來往台澎兩地。究其原因滿人對海上一向心存恐懼。所以將台灣當為「敵境」，移民當為「奸民」、「盜賊」、「流氓」、「敵國之民」，並採取嚴厲的禁止政策，清國政府決定領有台灣後，對防範官吏與兵隊背叛極為用心，規定往台灣赴任的官吏任期為三年，任期屆滿立即調回中國，並禁止家屬同行。總數約一萬的陸軍和海軍部隊也每三年調動一次，稱為「班兵制」，並禁止由台灣當地募兵。這是害怕長期駐台會本土化，與台灣居民串通造叛。
如此造成對台灣開發的極大障礙。

另一方面經過偷渡、賄賂到達台灣島的農民開拓者，將努力開拓完成的土地被滿清官員套上「私墾」、「盜墾」等罪名，嚴加規制禁止，有了禁止、限制對滿清派駐台灣的官員兵吏視為貪污的絕好機會。滿清這作法妨害台灣的土地開發，並阻礙了台灣社會的進步與發展。現在的人無法想像一個政府居然就是這種受人唾棄的地步，所以台灣不亂才怪。

從「大清律例」裡的「私出外境」、「違禁下海」等各節罰則就能看到滿清政府取締出海移民的嚴厲苛酷。屬於中國福建省下的「台灣府」，可是一國二制，海禁不但不因此被撤消，而且，再加上特別嚴格的禁令。
基本上是要根絕漢人前往台灣。在一六八四年(康熙二十三年)，滿清佔據台灣後，即時公佈「台灣編查流寓則例」，其內容含有如下的嚴格規定台灣居民及漢人渡台三禁令如下：
1． 內地商民來台貿易者，須由台廈兵備道查明，並發給路照，出入船隻須嚴格檢查，偷渡者嚴辦，偷渡之船戶及失察之地方官，亦照法查辦。
2． 渡台者不得攜帶家眷，己在台者不得搬眷來台。
3． 潮州惠州之地，為海盜淵藪，積習未脫，其民禁止來台。

由上觀之勞動農民是被排除在外的，可取得渡台路照者，只限於貿易商人，加上將所有來台者的眷屬當為人質所以也不能攜帶眷屬。在實際上，人民渡台須經由官方管道，滿清官員多加刁難。再者，滿清禁止潮州．惠州等汕頭地方的廣東系漢人(客家人)來台，施琅之禁止客家人來台是以「惠、潮之地，數為海盜淵藪，而積息末忘。」。但另一方面客家人在福建所居之地並非沿海，而是大部在山區，所以來台也較慢。中國大陸的出洋移民並不因此而中斷，漳．泉二州出身的移民照常接踵而來。廣東嘉應州的移民隨之而至。
滿清政府曾鬆懈准攜眷，但是馬上又禁止，一直重複禁止的命令。但一直將移住台灣的漢人，把他們當做進入敵境社會上的敵民、流氓或罪犯來看待，這點都沒有改變。
在漫長的二百年間一貫將台灣視為敵境的滿清政府，在十九世紀中葉，眼見歐洲人一步步入侵中國，才發覺到台灣的重要性。所以破天荒的改為獎勵移民。到了一八七○年代距離台灣割日只剩下二十五年，才採用移民獎勵政策，未免過遲。在台灣西部的平地大體已被開拓完了，人口也巳增至二五○萬人之譜。

滿清對渡台禁令演變時程表
一六八四年(康熙二十三年) 依施琅之議，滿清頒布渡台禁令三條(請參閱P11)
一七一九年(康熙五十八年) 依閩浙總督羅覺滿保之議，清廷重申渡台禁令
一七二九年(雍正 七年) 再度重申渡台禁令
一七三二年(雍正十年 ) 廣東巡府鄂爾達奏請准予渡台者攜眷
一七四○年(乾隆五年) 閩浙總督郝玉麟以開禁後弊病叢生，再度禁止。
一七四六年(乾隆十一年) 戶科奏請開攜眷令
一七四八年(乾隆十三年) 閩浙總督喀爾吉善奏請攜眷以一年為限。
一七六○年(乾隆二十五年) 福建巡撫吳士功，奏請開禁但以一年為限。
一七六一年(乾隆二十六年) 閩浙總督楊廷璋，奏請嚴禁渡台及禁攜眷。
一七八八年(乾隆五十三年) 陝甘總督福康安奏請廢止攜眷禁令。
一八七四年(同治十三年) 依福建巡撫沈葆楨之議，渡台禁令廢止。(離台灣割日僅剩下二十一年)
總計以上，滿清據台二一三年中嚴禁渡台大都在嚴禁令下。也就是滿清據台時期的90%以上都在禁止人民渡台的敵視狀態中。