La Direzione Generale Operativa Logistica si occupa della logistica e del trasporto delle merci.
Trenitalia trasporta in un anno circa 82 milioni di tonnellate di merci lungo una fitta rete di relazioni che collegano l'Italia ai principali centri economici europei ed ha nel trasporto combinato, che rappresenta circa il 50% del traffico totale merci, la quota più alta in Europa.

Trenitalia ha puntato anche sull'innovazione tecnologica per rafforzare la propria reattività alle sollecitazioni del mercato. In particolare, ha potenziato la capacità di trazione delle locomotive e aumentato la capacità di carico di determinate tipologie di carri, come quelli dedicati al trasporto di elettrodomestici, e ha investito fortemente nei sistemi informativi sia per ottimizzare i processi produttivi, nonché i rapporti con la Clientela.

Come per gli altri settori del sistema treno, anche per il trasporto merci, l'azienda ha poi rafforzato inoltre il suo impegno per la qualità. L'elaborazione del 'Programma Qualità' ha consentito di avviare il circolo virtuoso del miglioramento continuo attraverso la Carta dei Servizi e il processo di certificazione, conseguendo un primo importante risultato nel dicembre 2002: la certificazione secondo la norma UNI EN ISO 9001:2000.

In ambito internazionale, infine, sono state realizzate importanti partnership con le nuove imprese che si affacciano sul mercato e accordi commerciali con le principali imprese ferroviarie europee.

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