Comenzó en la casa del platero Juan Granada, que hacía esquina con las calles de La Costanilla y Cantarranas. Debido al fuerte viento reinante, el fuego se expandió con una gran rapidez avanzando, "en cinco lenguas de fuego", por un lado hacia La Rinconada y por otro hacia la Plaza Mayor, llegando incluso hasta el convento de San Francisco.
En las cincuenta horas que duró hasta que pudo ser atajado destruyó 440 casas, casi la décima parte de las que entonces tenía la ciudad, y prácticamente todo el barrio de artesanos en que se declaró: las calles de La Costanilla (Platerías), Corral de la Copera (Conde Ansúrez), la Plaza Mayor, la de La Rinconada, La Especería, las plazas del Corrillo y del Ochavo, La Lencería, Juan de Morillo (Viana), Los Guarnicioneros (Vicente Moliner), la calle de Cantarranas y parte de la calle Empedrada (Caballo de Troya).
Intervinieron en la extinción del incendio religiosos de todas las órdenes, incluidos los monjes de San Benito, renunciando para ello a la clausura, y gentes de las aldeas vecinas.
Inmediatamente el Ayuntamiento dio cuenta del suceso al rey Felipe II solicitándole ayuda para remediar el daño.