Podczas eksploracji powierzchniowej na stokach Stołowa w maju 2003 roku Cz.Szura (KTJ Speleoklub Bielsko-Biała) odkrył nieznany wcześniej większy obiekt jaskiniowy, który z racji swoich rozmiarów został nazwany - Jaskinią Głęboką. Długośc jej korytarzy początkowo oceniano na około 100 metrów. Jednak w trakcie kolejnych wyjazdów eksploracyjnych udokumentowano partie długości 512m i głębokości 24,8m. Jest to więc druga pod względem długości jaskinia polskich Karpat Fliszowych. Według informacji pochodzących od odkrywcy obiektu, na dzień dzisiejszy nie spenetrowano jeszcze wszystkich przodków, a końcowe opracowanie planu i innych danych inwentaryzacyjnych będzie opublikowane w późniejszym terminie.

Jaskinia położona jest na południowo-zachodnich stokach opadających ku dolinie Brennicy, poniżej przełęczy oddzielającej Trzy Kopce (1080m n.p.m)od Stołowa (1035m n.p.m).Od miejsca, gdzie z żółtego szlaku turystycznego (z Klimczoka na Błatnią) odchodzi nartostrada do Szczyrku,idziemy dalsze 200 metrów w kierunku Błatniej. Od otworu główny ciąg prowadzi do dna pierwszego (głęb.-23,7m), drugiego (głęb.-17,5m) i trzeciego (-24,8m). Boczne ciągi kolejno odkrywane to:Zawalisko, Partie Naciekowe i Andrzejkowe. Prawdopodobnie, analogicznie jak obiekty jaskiniowe znajdujące się w pobliżu (np.Jaskinia w Stołowie) jest to przykład jaskini osuwiskowej powstałej w piaskowcach warstw godulskich środkowych. Zaobserwowano w niej wystepowanie: nietoperzy z gatunku Plecotus auritus oraz motyli Scoliopteryx libatrix.