Οι σπηλαιολογικές έρευνες στην Ελλάδα μπορεί να ειπωθεί ότι έχουν ιστορία χιλιάδων χρόνων. Από την μυθολογία είναι γνωστές ιστορίες που διαδραματίστηκαν κάτω από την γη. Ο Ηρακλής κατέβηκε στον κάτω κόσμο, στον Άδη, μέσα από καταβόθρες στον Αχελώο ποταμό. Επίσης, οι Κουρήτες, οι κρήτες πολεμιστές, είχαν σαν μια από τις δοκιμασίες της εκπαίδευσης τους την κατάβαση σε σπήλαια. Μεγάλα αποστραγγιστικά έργα όπως αυτό της Κωπαΐδας, μας φανερώνουν το ότι οι αρχαίοι Έλληνες γνώριζαν πολύ καλά τους μηχανισμούς κίνησης των υπόγειων υδάτων και σίγουρα μελέτησαν καλά τις καταβόθρες της περιοχής, πριν τις χρησιμοποιήσουν.

Η ιστορία των σύγχρονων σπηλαιολογικών ερευνών αρχίζει το 1841 με έρευνες του Γερμανού Fendler στην Κύθνο. Ακόμη και ο πατέρας της σπηλαιολογιας (με την σημερινή της μορφη), ο Γάλλος Ε.Α. Martel, επισκέφθηκε την Τρίπολη και μελέτησε μαζί με τον νομομαθή μηχανικό Ν.Σιδερίδη τις καταβόθρες της περιοχής (1891-1892). Ιστορικά σημαντικό είναι επίσης και το έργο του Α.Marcovits ο οποίος έως το 1928, μελέτησε από παλαιοανθρωπολογική άποψη, εκατοντάδες σπήλαια στην Αττική.

Στις αρχές του 20ου αιώνα ιδρύθηκαν στην Ελλάδα οι πρώτοι ορειβατικοί σύλλογοι. Από τα πρώιμα χρόνια της ίδρυσής τους αναπτύχθηκαν στο εσωτερικό τους ομάδες σπηλαιολόγων οι οποίοι άρχισαν να εξερευνούν σπήλαια. Από την σπηλαιολογική ομάδα του Ορειβατικού Συλλόγου «ΠΑΝ», με πρωτοβουλία του ζεύγους Ι & Α. Πετροχείλου, ιδρύθηκε η ΕΣΕ. Έτσι το 1950 έχουμε για πρώτη φορά την ύπαρξη αμιγώς σπηλαιολογικού συλλόγου στην χώρα μας. Πέντε χρόνια αργότερα ιδρύεται η σπηλαιολογική ομάδα του ΕΟΣ Χανίων, το 1960 ιδρύεται η ΕΠΕΑΝ, στην συνέχεια ιδρύονται παραρτήματα της ΕΣΕ στην περιφέρεια και η φλόγα της σπηλαιολογίας αρχίζει να διαδίδεται. Αρχίζουν οι πρώτες μεγάλες και ιστορικές εξερευνήσεις όπως τα σπήλαια του Δυρού, των Λιμνών και άλλα.

Στην δεκαετία του '80 ιδρύεται ο ΣΠΕΛΕΟ, η ΣΠΗΝΑ και ο ΑΕΤΟΣ ενώ το Υπουργείο Πολιτισμού ιδρύει την αρμόδια Εφορία Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας. Η ίδρυση του ΣΠΕΛΕΟ σηματοδοτεί μια άνθιση της εξερευνητικής σπηλαιολογίας. Οι εξερευνήσεις πιο τεχνικών σπηλαίων εντείνονται. Μεγάλα βάραθρα με εκατοντάδες μέτρα βάθος εξερευνούνται διαρκώς. Στην δεκαετία του '90 ιδρύεται ο ΣΕΛΑΣ από σπηλαιολόγους με πολύχρονη δράση σε σωματεία που ήδη αναφέρθηκαν. Η ίδρυση του συμπίπτει με ακόμη μεγαλύτερες εξερευνήσεις ενώ πλέον εξερευνούνται για πρώτη φορά σπήλαια με βάθος μεγαλύτερο από χίλια μέτρα. Οι σύλλογοι συνεχίζουν μέχρι και σήμερα να ιδρύονται και να αναπτύσσονται πολύ γρήγορα παράγοντας άμεσα έργο, όπως για παράδειγμα ο ΣΠΟΚ στην Κρήτη.

Στα τέλη της δεκαετίας του '90, η Ομοσπονδία έγινε επιτακτική ανάγκη. Αυτό οφείλεται στο γεγονός της αναγκαιότητας ενός ενιαίου φορέα ώστε να οργανωθούν σημαντικότατες δομές όπως η σπηλαιοδιάσωση, το ενιαίο σπηλαιολογικό αρχείο καθώς και η πιστοποίηση εκπαιδευτών. Η εκπροσώπηση σε διεθνή σπηλαιολογικά όργανα αλλά και η εκπροσώπηση απέναντι σε κρατικούς φορείς είναι επίσης σημαντικοί τομείς. Η δημιουργία καναλιών ενημέρωσης, η θεσμοθέτηση της επικοινωνίας μεταξύ των συλλόγων μελών, η προβολή του έργου τους αλλά και η συνεργασία με όλους τους υπόλοιπους κοινωνικούς εταίρους για την ανάδειξη και την προστασία του υπόγειου κόσμου της χώρας μας είναι επίσης σημαντικές πτυχές της αποστολής της Σπηλαιολογικής Ομοσπονδίας Ελλάδος.

Από το 1998 όλα τα σωματεία ξεκινούν με αφορμή την 1η Πανελλήνια Σπηλαιολογική Συνάντηση (ΕΣΕ) τις επαφές για την ίδρυση της Σπηλαιολογικής Ομοσπονδίας Ελλάδος (ΣΟΕ). Τελικά η ΣΟΕ ιδρύθηκε το 2001. Σήμερα, πέρα από τα ιδρυτικά μέλη πολλά σπηλαιολογικά σωματεία (π.χ. ΕΣΕΦ, ΦΟΣ, ΠΟΣΕΙΔΩΝΑΣ, ΟΛΥΜΠΙΑΚΗ ΦΛΟΓΑ, κ.α.) έχουν υποβάλει αίτηση ώστε να εγγραφούν στην δύναμη της.

Η ΣΟΕ είναι ιδρυτικό μέλος της Βαλκανικής Σπηλαιολογικής Ένωσης (BSU) και μέλος της Σπηλαιολογικής Ομοσπονδίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης (SFEC). Επίσης η χώρα μας είναι μέλος της Παγκόσμιας Ένωσης Σπηλαιολογίας (UIS) και μάλιστα η ΣΟΕ συνδιοργανώνει μαζί με την ΕΣΕ το 14ο Παγκόσμιο Συνέδριο Σπηλαιολογίας, στις 21-18 Αυγούστου του 2005. Το συνέδριο αυτό είναι το μεγαλύτερο σπηλαιολογικό γεγονός παγκοσμίως και λαμβάνει χώρα κάθε τέσσερα χρόνια σε διαφορετική χώρα.

Η ΣΟΕ οραματίζεται να εξασφαλίσει την αέναη διεύρυνση της γνώσης και την μέγιστη δυνατή προστασία κάθε μορφής υπόγειου εγκοίλου και επιφανειακού καρστ (δηλ. σπήλαια, βάραθρα, φαράγγια, δωλίνες, φυσικές γέφυρες κτλ) υπέρ των κοινωνιών του παρόντος και του μέλλοντος. Καλείται επίσης να συμβάλει στην επιτάχυνση της ανάπτυξης των σπηλαιολογικών ερευνών και των συλλόγων της ενώ ταυτόχρονα πρέπει να διασφαλίσει ότι η ανάπτυξη αυτή θα γίνει ποιοτικά, δηλ. με τον καλύτερο δυνατό τρόπο.