2002年「國際自然保育聯盟世界保護區委員會東亞地區第四屆會議」中，與會各國人士促請我國政府將東沙海域，建立為我國第一個海洋保護區。2003年10月在南非「第五屆世界公園大會」達成之德班協定，籲請各國政府在未來十年內，將海洋保護區面積增加到領海面積約12﹪，並於2012年建立全球海洋保護區的資料庫。依據國際自然保育聯盟(IUCN)的資料。
東沙擁有我國海域唯一發育完整的環礁，係由珊瑚礁經千萬年的生長堆積而形成，屬於特殊珍貴自然景觀，足以代表國家自然遺產；東沙環礁孕育豐富的珊瑚礁生物，也擁有多處古沉船遺蹟，需由國家長期保存；而且東沙環礁位居南海北部，景觀優美，向有「南海之珠」的美譽；東沙環礁又鄰近東亞、東南亞各國，具有許多的海洋文史資料，適合設立為國家公園。
東沙環礁國家公園原則以東沙島及東沙環礁周圍延伸至外圍22.2公里，總面積3,536平方公里，概略圖 http://dongsha.cpami.gov.tw/child/2-2-1.html
東沙島面積約為1.74平方公里，古稱「南海明珠」，全島由珊瑚碎屑及貝殼風化形成獨特白沙地質景觀，島內一小潟湖如內海，其面積約為0.64平方公里，此小潟湖在退潮時水深不及1公尺，全島如同蟹螯狀地形。
東沙環礁古稱「月牙島」係由潟湖及珊瑚礁台組成，直徑約25公里及面積500平方公里，具完整珊瑚礁景觀生態資源，為海洋生物樣熱點地理區位，環狀礁台區長約46公里及?約2公里，於低潮時露出水面，環礁內為水深16公尺以淺之潟活及灘洲組成。環礁外25公尺以深海底有古沉船遺蹟、熱帶珊瑚、熱帶魚群、棘皮動物、甲殼動物、底棲藻類、礁斜陡坡等構成豐富海洋文史生態廊道。
2006年12月19日行政院核定內政部所報「東沙環礁國家公園計畫（草案）」，並請內政部依照該院經建會11月30日之審議結論及相關單位意見辦理：「（1）.本計畫名稱請修正為『東沙環礁國家公園計畫』，以凸顯所保育之東沙環礁生態系及地景特性。（2）. 原則同意『東沙環礁國家公園計畫』草案，並指示加速推動東沙環礁之復育及保育相關措施，優先辦理各資源復育措施，俟各項復育措施考核指標，顯示復育措施已達到一定成果後，方考慮推動後續之生態旅遊與環境教育工作。（3）. 『東沙環礁國家公園計畫』雖已單獨成立東沙環礁國家公園，然管理組織上應朝向合併設立一處『海洋國家公園管理處』，統籌東沙環礁及其他可能評估設立的綠島、北方三島、澎湖群島等島嶼或海洋型國家公園，以收整合管理之效。」
96年10月4日『海洋國家公園管理處』正式掛牌成立於高雄市，執行東沙環礁國家公園之經營管理，為台灣海洋保育邁向永續經營的重要里程碑。
籌備大事紀:
| 2003/8/6 | 行政院經建會函示:「東沙環礁復育及保育，至為重要，除加強海巡署執法能力外，基於實務、專業及績效考量，是否有劃設為海洋型國家公園，並指定專責機關管理之需要，建請內政部會商相關機關，審慎規劃研究，妥擬可行方案，陳報行政院核定。」 |
| 2004/1/9 | 內政部營建署將「東沙海洋國家公園可行性評估及劃設範圍」陳報行政院 |
| 2004/2/2 | 行政院交議經建會第1163次委員會議討論。 |
| 2004/2/25 | 行政院臺內字第0930006751號函核復內政部同意所提東沙海洋國家公園可行性評估及劃設範圍。 |
| 2004/3/31 | 行政院召開「行政院海洋事務推動委員會第一次會議」亦指出行政院核示東沙島籌設「海洋國家公園」，具體宣示維護外(離)島之海洋生態環境，列入海洋資源組分工計畫；行政院永續會生物多樣性分組亦列為工作事項中。 |
| 2006/12/19 | 行政院核定內政部所報「東沙海洋國家公園計畫」草案，並請內政部依照經建委員會1273次委員會會議審議結論將計畫書名稱修正為「東沙環礁國家公園計畫」，以凸顯所保育之東沙環礁生態系及地景特性。 |
| 2007/1/17 | 內政部正式公告「東沙環礁國家公園計畫書、圖」,東沙環礁國家公園為我國第7座國家公園。 |
