谷底に転落した覆面忍者とナルト。忍者の正体は、死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。キズついたナルトの治療をしながら、ナツヒは星をうばった理由を語る。
　星の修行により多くの仲間をうしなったナツヒは、禁じられた修行が再開されることのないよう、三代目星影との約束により外部から星隠れの里を見守っていたのだ。他者の犠牲のことを考えていないアカホシに星をわたすわけにはいかないというナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまでせまっていた。

　ナツヒの身体はすでに「星」の副作用にむしばまれていた。「星」をめぐり、ひっしでアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質にとられ、「星」をうばいかえされてしまう。そして、アカホシはナツヒとスマルたちの追放を宣言するのだった。
　ナルトたちにたすけられ、スマルとナツヒはようやく親子の再会をはたす。秘められた母の思いを知るスマル。そして、スマルの悲しみを知るナツヒ。「もうこれ以上かなしい母と子を作りたくはない」と考えたナツヒは、元凶である「星」の破壊を決意するのだった。

　遠く母の死を感知するスマル。ナルトは怒りにわれをわすれたスマルを止めることができなかった。アカホシはスマルをたおすため、忍たちに総動員をかける。だが、ホクトとミヅラは、スマルを救うため、命がけで星の修行の真実を告げるのだった。
　明らかになるアカホシの野望と星影暗殺の真実に、どよめく忍たち。自分にはむかいはじめた忍たちを制圧するため、アカホシがとった最後の手段は…。

他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。だが後日の調べで大変な事がわかった。その忍は与えた傷口から菌を侵入させるという特殊な術の使い手だったのだ。侵入した菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪ってしまうという。忍犬である赤丸が凶暴化した場合の被害は計り知れない。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りも空しく赤丸にある変化が起きはじめる――。

森にて修行に励むナルトの背中に奇妙な生物が張り付き、取れなくなった｡その生物をツナデは「伝説の生物・オンバア」ではないかと推測。それによればオンバアは生まれて最初に見たものを親と思い、背中に張り付いて大人になるまでその背を離れない習性を持つという。更に成長したオンバアは凶暴性と怪力を併せ持ち、3メートルもの巨体になるらしい。爆弾を背負わされた気分のナルトだが、成長するにつれて次第にナルトに懐いてゆく子オンバアに徐々に心を許していく。
――そんな時、ナルトに山賊退治の任務が下る。子オンバアとの絶妙なコンビネーションで山賊を倒してゆくナルトだが、危機はすぐそこまで迫っていた。