En el transcurso del mes de septiembre de 1929 Carlos W. Lencinas se encontraba en la Capital Federal para reclamar su diploma de senador nacional, ganado legítimamente en las elecciones de 1926. El gobierno nacional lo desaprobó por vincularlo con varios hechos de corrupción en su gestión gubernativa.
Antes de viajar hacia Mendoza, fue avisado por un policía de que un tirador experto lo esperaría en su provincia para asesinarlo.
Lencinas partió desde Retiro en el tren "El Internacional". Ya en San Luis, según se dijo, enviaron un aeroplano para que no prosiguiera el viaje, pero éste se negó a tomarlo. El tren llegó a Mendoza a las 16.45 horas; una multitud lo esperaba en el andén y lugares aledaños. Lencinas bajó acompañado de Antonio García Pintos y, desde allí, marcharon hacia el Círculo de Armas en donde realizarían diversos discursos.
Una considerable cantidad de personas se aglomeró para escuchar a los oradores. Lencinas ocupó uno de los balcones del edificio junto con destacados correligionarios. Tomó la palabra García Pintos quien realizó declaraciones en contra del gobierno nacional. La multitud manifestó con silbidos y exclamaciones hostiles en contra de Yrigoyen. Ante el alboroto producido por la arenga de Pintos, el líder del partido trató de apaciguar al gentío con ademanes. En ese instante se escuchó, un grito de “¡Viva Yrigoyen!” y partió el primer disparo desde el grupo ubicado entre la puerta central del edificio del Círculo y el balcón cercano al teatro Municipal.
A poca distancia se encontraba José Cáceres, sospechado en un principio de haber sido el agresor. Luego de la detonación, se oyeron cuatro detonaciones más, generalizándose el tiroteo. Varios de los reaccionarios lencinistas dispararon a Cáceres, quien resultó herido de gravedad.
Se pudo observar que otro individuo -muy bien vestido, con pantalón con finas rayas y saco oscuro, que también se encontraba trepado en un árbol, distante cuatro metros hacia el sur de la puerta de entrada del Círculo- fue quien le disparó al doctor Lencinas. Al escucharse las distintas detonaciones, el presunto asesino aprovechó la confusión para desaparecer entre el público reunido, que se dispersó debido al el tiroteo. Muchos se volcaron hacia la plaza San Martín y otros se refugiaron en el basamento de la estatua ecuestre del General y en la fuente de la misma plaza.
Mientras tanto, en el balcón del Círculo se notó extraños movimientos en el zaguán y el salón que daba a la calle. Las puertas y ventanas se cerraron, los que estaban cerca de Lencinas, lo protegieron con sus cuerpos, sin perder tiempo, lo llevaron hacia la sala de billar. Hasta ese instante nadie sospechaba que había sido herido. Lencinas, tambaleante, arrojó sangre por la boca, uno de sus hermanos manifestó dolorosamente: "¡Carlos se muere muchachos, lo han asesinado!". El cuerpo de Lencinas fue puesto sobre una mesa de billar, la hemorragia fue más intensa. Mientras tanto, fuera del local, la gente afectada por el pánico abandonó la calle España.
Varias ambulancias llegaron de inmediato al lugar asistiendo a Lencinas y a los otros heridos que estaban en la calle. El doctor Lencinas fue trasladado hacia el Hospital Provincial. Caída la tarde, el juez Fuentes Pondal dio la orden de la autopsia. Intervinieron en la práctica el doctor Pedro Escudé acompañado por el director del hospital, doctor José de la Zerda. Hubo momentos de mucha tensión porque no se encontraba la bala. Minutos después, Virgilio Sguazzini la encontró en el suelo, la cual -al desvestir el cuerpo del extinto- había caído. Sguazzini mostró el proyectil al juez, éste tomó la munición y la depositó en un sobre. Cuando quiso firmar el sobre, el magistrado se lo impidió y lo amenazó con retirarse del lugar.
Realizada la autopsia, el cuerpo del doctor Lencinas fue embalsamado y sus restos fueron velados en la casa paterna, ubicada en la calle 25 de Mayo 750 de la ciudad. Fue enterrado en el Cementerio de la Capital, en el panteón familiar.
El 10 de noviembre de 1929 fue muerto el doctor Carlos W. Lencinas. Varias versiones del confuso episodio afirman que fue un complot.
