1-800-FLOWERS.COM Blog

Праекты Сінтэтычная біялогія

February 9th, 2011 by gasyoun

Original on http://arep.med.harvard.edu/SBP/трнк

Мэта дадзенай старонкі з’яўляецца падаванне рэсурсаў для нашай якая расце супольнасці спрыяюць сінтэтычнай біялогіі, олигонуклеотида Асамблеі, у прабірцы пераклад, міні-геномаў, рыбасомы дысплей, і г.д. Некаторыя са спасылак унізе, неактыўныя, пакуль пасля сцвярджэння выдаўца. – Абноўлена 9-траўня-2009 GMC.

(1) Synthetic Genomics: ДНК з чыпаў, выпраўленні памылак і зборкі

Тянь-J, Гонг H, N Шэн Чжоу X, Gulari Е, Гао X, і Цэрквы М. (2004) Дакладная Мультыплекс Гена Сінтэз з Праграмуемыя чыпы ДНК.
Травень-2001 Minigenome / BioSpice пачала праекта.
01-лютага-04 спіс № 1 : олиго выкарыстоўвацца для сінтэзу ад 21 E.coli малой субадзінкі рибосомальной бялкоў = minigenome падмноства, прамоўтар, SD, яго-тэгі дадалі ў геном ПЦР (918 олиго ад 4K-фармаце Xeotron / Атактычны олиго масіва ).
25-мар-04 спісу № 2 : олиго для сінтэзу 125Kbp minigenome і 777kbp М. Мабільны геному. (95376 олиго ад 191K фармаце масіў Nimblegen).
Дадатковы табліцах 1 і 2 і малюнкаў для 14593 ВР оперона ад 21 рибосомных генаў (далучэнне AY773199 ) і мантаж аднаго гена (S19) ад 95376 олиго (6,7 Mbases).
Вытворча-сілы спін-офф: кодон прылад

(2) бія-бяспекі і назіранні тэхналогій

  • 18-Jun-2004: Сінтэтычныя Biohazard нераспаўсюджання прапанова.
  • Міжнародны кансорцыум па полинуклеотидных Сінтэз (МЦПИ)
  • Sloan Foundation працоўнай групы.
  • ДНК дызайну з выбару агента фільтравання: CADPAM
  • Бія-weathermap выкарыстаннем наступнага пакалення “паслядоўнасці” тэхналогій.

    (3) інжынерна геномной Шасі для бяспечнага тэрапеўтычнага бактэрый

    Сінтэтычная біялогія Інжынерна-даследчы цэнтр SynBERC

    (4) rE.coli праекта, каб зрабіць новую ў натуральных умовах генетычныя коды

    Фаррен Айзекс, Харыс Ванг, Зак Sun, Resmi Charalel (з Пятром і інш. Карр. У Джо Джекобсона групы). Мы змянілі ўсё 314 кодонов UAG спыніць UAA і будзе наступнай спробе да накаўт-prfA гена (кадаванне рэліз фактар RF1).

    (5) люстраное біяпалімераў

    Duhee Выбуху лігавання сінтэтычныя пептыды, каб зрабіць люстэрка ДНК-полимеразы (Sulfolobus solfataricus P2 ДНК-полимеразы IV – Dpo4) для люстраных-PCR. Гл. таксама 2001 DARPA грант для люстраных вавёрка план будаўніцтва сінтэзу. Маючы гэта ў выглядзе, у 2007 году, Майк Джеветт пачаў працаваць на Effcient у прабірцы сінтэз бялку перакладу фактараў і рибосомных бялкоў. (Гл. таксама пункт № 9 ніжэй).

    (6) ИГЕМ і іншых навучальных

    Праверце тут сваю ролю ў ИГЕМ міжнародных генна-інжынерных машын канкурэнцыі. Нашы 2004 ИГЕМ праекта быў интегразы аснове “лічыльнік”, якая праводзіцца ў супрацоўніцтве з Коллинза групы Джым на BU. Дзве 2005 ИГЕМ праекты былі BioWire і BioSketch. Восень і вясна вядома MCB 100 мае спрыяе цікавымі спосабамі з Гарвардскім ИГЕМ каманды напрыклад, 2006, 2007, 2008.

    (7) мікробнага і электроніка для пераўтварэння фатонаў да біяпаліва

    Гледзіце наш DOE геномаў Жыццё цэнтр

    (8) ДНК-нанаструктур

    Гэты праект складаецца ў распрацоўцы комплексу 3D нанаструктуры выкарыстаннем одноцепочечных і двухцепочечной будаўнічыя блокі ДНК (напрыклад, M13 кругоў і олиго) Шон Дуглас у супрацоўніцтве з Уільям Ши і Падлога Ротемунд.

    (9) Мінімальны Геномы і сінтэтычныя клеткі

    Гэта пачалося як праблемы біяфізікі набору пытанняў у 1992 і ў 2001 стаў DARPA фундаванага праекта.

    Форстер, AC & Цэрквы, Г. М. Прырода EMBO MSB Аўгуст-2006: Да сінтэзу мінімальнай клеткі.
    Форстер, AC & Цэрквы, GM Genome Research 17 (1) :1-6. Снежань-2006 Сінтэтычная біялогія праектаў у прабірцы.
    На малюнку ніжэй (і на вокладцы геномных даследаванняў і BBC відэа ) быў створаны з дапамогай grid.pl.

    “3D-часткі спісу” лічба кадуецца E.coli заснаваны minigenome з 150 макрамалекул (плюс 45 малых малекул) ніжэй (на аснове 3D-структур у табліца распрацаваны для паперы вышэй MSB). 2,7 т.п.н. поўнай 113 кб minigenome паказана. Колеры адлюстроўваюць пункт гледжання мал. 1 і 2 (сіні ДНК на чырвоны РНК да фіялетавага бялкоў). Макет адлюстроўвае 4x4x4 генетычны код на малюнку 3, 20 амінакіслот (AA) у фармаце аднаго ліста. Толькі адзін трнк-синтетазы комплексу паказана ў А. А., нават калі больш адной трнк існуе, што аа. “Лішніх” трнк паказаў злучаны з мадыфікацыяй ферментаў ці бясплатна, значыць, гэтыя ферменты засяроджаны зблізку іх асноўных трнк падкладкі ў кодзе. Пераклад фактараў у канцы F: ініцыяванне (КРП), падаўжэнне (EF), і рэліз (РФ). Звернеце ўвагу, што шматлікія з гэтых бялкоў трнк нагадваюць па форме. FM = формил-Met-трнк з formylase ДРМ. Некаторыя з малекул яшчэ не адлюстроўваецца (Qm = РФ Gln метилазы, Тилс, PrfC), а некаторыя грубіянскія мадэлі гамалогіі (напрыклад, некаторыя трнк). Больш адной копіі малекулы паказана, калі функцыя комплексу патрабуе, напрыклад, Гроэ = 14 дзід GroEL (60kd) і 7 дзід GroES (10kd).

    у прабірцы генетычнага кода

  • Posted in international

    Leave a Comment

    Please note: Comment moderation is enabled and may delay your comment. There is no need to resubmit your comment.