Malheureusement, après avoir perdu la majeure partie de ses cadres, les deux saisons qui suivront seront bien moins riches en émotions, tant et si bien que l'ASM, qui se dénomme à présent Association Sportive de Monaco Football Club SA, est éliminée dès le premier tour de la Ligue des Champions, et surtout termine 12ème du championnat. Un rayon de soleil tout de même, une finale de Coupe de la Ligue perdue face à Lyon 2-1 après prolongation.

La saison qui suivait devait être celle du renouveau. Didier Deschamps arrivait comme entraîneur en lieu et place de Claude Puel, et surtout Panucci, Bierhoff, Jugovic et d'autres débarquaient sur le Rocher. Malheureusement, cette saison sera l'une des pires du Club, avec une 15ème place en championnat. Rien ne laissait présager que l'ASM FC ne rebondisse aussi rapidement.

En 2002-2003, après pourtant un départ poussif, les Rouge et Blanc terminent 2èmes du championnat et remportent la Coupe de la Ligue, au stade de France, devant 80 000 spectateurs. Shabani Nonda terminera meilleur buteur du championnat, Jérôme Rothen meilleur passeur, et de nombreux jeunes tels que Squillaci et Evra seront reconnus comme de futurs membres de l'équipe de France. L'AS Monaco FC remporte donc une nouvelle compétition, trois ans après la dernière, et gagne le droit de disputer la prestigieuse Ligue des Champions.

Le 30 juin 2003, après vingt-huit années passées à la tête de l'AS Monaco FC, le Docteur Jean-Louis Campora quitte la Présidence. Il est remplacé par Monsieur Pierre Svara, membre du Conseil d'Administration depuis 2003. L'Association Sportive de Monaco Football Club prend un nouveau départ. Le début de saison 2003-2004 conduit en décembre les Rouge et Blanc à la première place du championnat et les qualifie brillamment pour les huitièmes de finale de la Ligue des Champions, alors que ses adversaires se nommaient AEK Athènes, PSV Eindhoven et Deportivo La Corogne.

L'aventure européenne aura toutefois quelques conséquences sur le classement final. Après avoir occupé la 1ère place pendant les trois quarts du championnat l'AS Monaco FC finira effectivement sur le podium mais épuisée, seulement à la 3ème place. La saison 2003-2004 a permis de partager une aventure sportive et humaine exceptionnelle, très forte en émotions, unique au niveau du suspense et riche sur le plan de la répétition d'exploits sportifs collectifs. Ses qualifications successives aux dépens du Lokomotiv Moscou, du Real Madrid et de Chelsea ont conduit l'AS Monaco FC à la finale de l'UEFA Champions League perdue contre le FC Porto (0-3).

Le 30 juin 2004, Monsieur Michel Pastor, puissant industriel monégasque, devient le nouveau président du club vice-champion d'Europe, la mission d'un an confiée à Monsieur Pierre Svara au 30 juin 2003 étant venue à échéance. La saison 2004-2005 voit l'AS Monaco FC s'offrir des places d'honneur dans les compétitions nationales. Troisièmes de Ligue 1 derrière l'OL et le LOSC, les coéquipiers de Saviola, Kallon et Chevanton, tous arrivés en début de saison, s'arrêtent en demi-finales des deux coupes nationales. Sur la scène européenne, le club termine à une belle première place en phase de poule de la Ligue des Champions (devant Liverpool, futur vainqueur de l'épreuve), mais se heurte au PSV Eindhoven en huitièmes de finale.

L'exercice suivant est plus chaotique. Une élimination contre le Betis Séville en tour préliminaire de C1 et un début de saison poussif en championnat provoquent le départ de Didier Deschamps. L'Italien Francesco Guidolin reprend le flambeau mais la formation monégasque a du mal à trouver la régularité. 10eme de Ligue 1, éliminée en demi-finale de la Coupe de la Ligue et en 16èmes de finale en Coupe UEFA, l'ASM FC se prépare à des changements marquants à la direction. A l'aube de la saison 2006-2007, Michel Pastor nomme Marc Keller comme Directeur Général du club. L'arrivée de Laszlo Bölöni à la tête de l'équipe première suivra de peu mais le technicien roumain est rapidement remplacé par Laurent Banide, fils de Gérard et éducateur au club depuis plus d’une décennie. Il redonne confiance aux Rouge et Blanc après un départ catastrophique et réussit sa mission à la tête de l’équipe première. A l’aube de la saison 2007-2008, une nouvelle ère débute avec l’arrivée comme manager général du Brésilien Gomes Raymundo Ricardo.

Deux saisons durant, les Rouge et Blanc alternent le bon et le moins bons et terminent le championnat de Ligue 1 en milieu de tableau. Satisfaction tout de même concernant la formation, puisque l’équipe Réserve entraînée par Frédéric Barilaro remporte le championnat de France des Réserves Professionnelles 2008. La saison suivante, plusieurs espoirs issus du centre de formation (Mollo, Nkoulou, Mongongu, Nimani, Ruffier) s’imposent en équipe première. Côté dirigeant, Jérôme de Bontin, en place depuis moins d’un an, laisse le 31 mars 2009 son fauteuil de Président à Etienne Franzi. Le retour de Marc Keller au poste de Directeur Général et l’arrivée de Guy Lacombe comme entraîneur suivront. Grâce à une base de jeunes joueurs prometteurs et performants, mais aussi grâce à un recrutement cohérent et ciblé (retour de Nenê, arrivée de Puygrenier, Traoré, Eduardo Costa, Coutadeur), l’AS Monaco FC entame la saison 2009-2010 avec humilité mais détermination. Le club la termine avec une finale de Coupe de France, perdue après prolongation face au PSG (0-1), et une huitième place de Ligue 1, le meilleur classement depuis 2004-2005.