أ- مكتب المدير العام ويضم:-
1- مدير المكتب.
2- السكرتاريه.
3- شعبة المراسلات.
4- شعبة الأعلام.
5- شعبة تكنلوجيا المعلومات.
6- شعبه إدارة الجودة.
7- شعبة التدريب والتطوير.
8- شعبة حقوق الإنسان.
9- شعبة الطب العدلي.
10- مركز التعليم الطبي المستمر.
11- مركز السيطرة على السرطان.
12- الطب الرياضي-
13- معهد الأشعة

14- مركز نينوى لتأهيل المعاقين

ب- مكتب معاون المدير العام للشؤون الادارية ويضم:
1- مدير المكتب.
2- وحدة المتابعة.

ج- مكتب معاون المدير العام للشؤون الفنية ويضم:
1- مكتب المعاون.
2- وحدة المتابعة.

د- أقسام الدائرة ويضم (9) اقسام وهي:
1- قسم التخطيط وتنمية الموارد.
2- قسم الأمور الإدارية والمالية والقانونية.
3- قسم التفتيش والشكاوي.
4- قسم التدقيق.
5- قسم الأمور الفنية.
6- قسم الهندسة والصيانة.
7- قسم العمليات الطبية والخدمات المتخصصة.
8- -قسم الصيدلية والمستلزمات الطبية.
9- قسم الصحة العامة.

هـ - المستشفيات وتضم 14 مستشفى وهي:-
1- مستشفى الجمهوري.
2- مستشفى السلام.
3- مستشفى ابن سينا.
4- مستشفى الأورام.
5- مستشفى البتول.
6- مستشفى الموصل.
7- مستشفى الخنساء.
8- مستشفى ابن الأثير.
9- مستشفى الشفاء.
10- مستشفى سنجار.
11- مستشفى الحمدانية.
12- مستشفى تلعفر.
13- مستشفى الشيخان.
14- مستشفى البعاج.

و- القطاعات وتضم 11 قطاع وهي كالاتي:-
1- القطاع الأيمن.
2- القطاع الأيسر.
3- قطاع تلكيف.
4- قطاع الحمدانية.
5- قطاع الشيخان.
6- قطاع مخمور.
7- قطاع القيارة.
8- قطاع الحضر.
9- قطاع سنجار.
10- قطاع البعاج.
11- قطاع تلعفر.