De tendance continentale, le climat de l'Yonne présente une forte amplitude thermique.
Il est souvent réputé pour être assez rude et compliqué.
L'hiver est généralement plutôt froid, et neigeux. L'été est souvent chaud et orageux. Les automnes et les printemps peuvent se montrer pluvieux.
Néanmoins, il y a de nombreuses différences : Entre climat océanique à tendance continentale au nord et à l'ouest, et climat continental en ce qui concerne les zones de l'est et du sud.
L'hiver est sans aucun doute la saison la plus particulière où la terre peut être pendant une semaine balayée par des vents neigeux formant des congères qui bloquent tous les axes routiers ; il peut aussi se caractériser par une pluie diluvienne où brouillard et givre se mêlent.
L'été est, quant à lui, chaud et parsemé d'orages. L'automne est une saison magnifique où les couleurs adoptent des teintes difficilement descriptibles, et le printemps voit la regénérescence des forêts et des bocages.
C'est un département souvent synonyme de record de températures et climatiques.