Garzón nació en Buga, Valle del Cauca, el 29 de octubre de 1946 y comenzó su carrera como un político de línea izquierdista dura y anticlerical: fue líder sindical, miembro del Partido Comunista y luego vicepresidente de la Unión Patriótica.
Es Comunicador Social de la Universidad Jorge Tadeo Lozano y tiene una Especialización en Derecho Administrativo de la Universidad de Salamanca (España).
Fue Secretario General de la Central Unitaria de Trabajadores (CUT) entre 1981 y 1990, a la vez que formaba parte de la Unión Patriótica. Con los procesos de paz, se cambió de partido y en 1991, fue Constituyente de la Alianza Democrática M-19.
En 1992 sonó para ser secretario general del cura Bernardo Hoyos en la alcaldía de Barranquilla, y en 1993 fue llave de Gustavo Petro cuando apenas empezaba la campaña al Congreso de 1994. Finalmente se lanzó al senado ese año y se quemó, en medio de una votación muy pobre para la AD M-19. Para las elecciones presidenciales, adhirió a la candidatura liberal de Ernesto Samper.
En 1995, cuando ya decía que no militaba en ningún partido, Garzón fue uno de los miembros de una Comisión de Paz que encabezaba el entonces arzobispo de Bogotá Pedro Rubiano y que incluía a personalidades como la directora de El Colombiano Ana Mercedes Gómez, Alfredo Vásquez Carrizosa, Augusto Ramírez Ocampo, Alvaro Leyva y Otto Morales Benítez. Esta comisión luego pasó a llamarse de Conciliación Nacional.
En 1996 llegó a su primer cargo público de alto nivel: cuando Samper le entregó el Ministerio de Trabajo al entonces presidente de la Central Unitaria de Trabajadores, Orlando Obregón, éste nombró a Garzón como su asesor.
Al año siguiente, Obregón se lanzó al Senado pero Garzón decidió hacer lo mismo y por su propia cuenta, aunque finalmente esa intención no cuajó.
Sin dejar de lado su base sindicalista, comenzó a acercarse a otros sectores, y, sobre todo, a tener vuelo propio. Entre 2000 y 2002 fue el Ministro de Trabajo de Andrés Pastrana, donde conoció a Juan Manuel Santos, quien era Ministro de Hacienda. Allí también comenzó a convertirse en el aliado del gobierno en el mundo sindical a nivel nacional e internacional.
También en 2000 murió su hija Jenny, lo que lo volvió a acercar a la religión hasta convertirlo en un católico ferviente y militante.
En 2003 Garzón fue uno de los miembros de la Comisión Facilitadora para el Intercambio Humanitario con las FARC junto a Monseñor Luis Augusto Castro, Arzobispo de Tunja y, más tarde ese año, renunció a la Comisión y fue elegido Gobernador del Valle del Cauca por el Movimiento Convergencia Popular Cívica con el 69 por ciento de los votos.
Durante su periodo como Gobernador tuvo que enfrentar un escándalo por la concesión de la vía Cali-Candelaria al Consorcio CISA S.A., que terminó demandando al departamento.
Cuando su periodo terminó, en 2007, Garzón fue delegado por el Presidente Uribe para negociar el TLC con el Congreso de Estados Unidos. Garzón parecía el hombre perfecto –por su experiencia y origen sindical– para convencer a los norteamericanos de que en Colombia las violaciones de derechos humanos a los trabajadores y asesinatos a sindicalistas habían disminuido y que, por lo tanto, el tratado debía firmarse. Sin embargo, no fue suficiente y el TLC aún está pendiente.
De todas maneras, la relación de Garzón con Uribe se fortaleció y, en enero de 2009, el entonces presidente lo nombró como Representante Permanente de Colombia ante las Naciones Unidas en Ginebra. Parte de su misión fue defender el nombre de Colombia, en relación con las denuncias y problemas de los derechos de los trabajadores de Colombia ante la Organización Internacional del Trabajo (OIT). Este nombramiento fue visto como una traición por varios sectores sindicalistas, pero le ayudó a ganarse el respeto de varios uribistas.
A comienzos de 2010, Juan Manuel Santos escogió a Garzón para que fuera su fórmula vicepresidencial en las elecciones presidenciales, con lo que se ganó la adhesión de algunos sectores sindicales como la Confederación General del Trabajo. El 20 de junio Juan Manuel Santos ganó la Presidencia en segunda vuelta y el 7 de agosto tomó posesión junto al ahora Vicepresidente Garzón, quien ahora está a cargo de varias iniciativas del gobierno que buscan la reparación de las víctimas del conflicto y la lucha contra la pobreza como, por ejemplo, la Comisión Nacional de Reparación y Reconciliación.
Tras la toma de posesión, el 9 de agosto, Garzón sufrió un infarto, del que fue operado por Hernando Santos Calderón, primo del presidente Juan Manuel Santos y hermano del ex vicepresidente Francisco Santos Calderón. Garzón se recuperó en poco tiempo.
Garzón se ha pronunciado en varias ocasiones en contra de decisiones tomadas por el Gobierno Santos, lo que en septiembre de 2011 valió un fuerte choque con el Presidente y con el partido de La U. El movimiento Centro Independendiente, liderado por Julio Roberto Gómez, amigo de Garzón y cabeza de la CGT, salió en su defensa. Se ha especulado que Centro Independiente sería una plataforma política para el futuro de Garzón.
Entre tanto, Garzón ha lanzado su candidatura para liderar la OIT.