Národní přírodní rezervace Břehyně – Pecopala byla vyhlášena v roce 1967 na ploše 903, 50 ha, jako součást většího území je chráněna od roku 1933.
Tato rezervace je jedním z nejvýznamnějších chráněných území na Českolipsku. Spojuje v sobě pestrou škálu biotopů typických pro Dokeskou pahorkatinu, od Břehyňského rybníka s přilehlými rákosinami, rašeliniště, mokřadní louky, podmáčené smrčiny, až po pískovcové skalní město Pecopala, porostlé kyselými i květnatými bučinami a bory. Vzhledem ke své rozloze, pestrosti biotopů i georeliéfu a obtížné přístupnosti se vyznačuje velkou druhovou pestrostí a je nalezištěm řady významných druhů flóry a fauny. Dané území je významným hnízdištěm ptáků.
Břehyňský rybník je od roku 1991 zapsán do seznamu mezinárodně významných mokřadů Ramsarské úmluvy a od roku 2004 je součástí Ptačí oblasti Českolipsko – Dokeské pískovce a mokřady, vyhlášené v rámci soustavy evropsky významných chráněných území NATURY 2000. V roce 1994 byla rezervace zahrnuta do sítě biogenetických rezervací Rady Evropy jako jedno ze dvou území v České republice.
Území rezervace je stanovištně velmi rozdílné. Ve spodní části u Břehyňského rybníka jsou zmokřené plochy rašelinišť a slatinišť, které přecházejí v bory na pískovcovém podkladu a smrkové porosty na rašelině. Hojně je zastoupena olše lepkavá (Alnus glutinosa), na sušších stanovištích dub letní (Quercus robur) a bříza bělokorá (Betula pendula).
Vegetace Mlýnského vrchu se výrazně odlišuje od porostů kolem rybníka i na Pecopale. Dominantní dřevinou ve vrcholové části kopce je buk lesní (Fagus sylvatica), směrem k úpatí převládá borovice lesní (Pinus sylvestris) s vtroušenou olší lepkavou (Alnus glutinosa), břízou bělokorou (Betula pendula) i smrkem ztepilým (Picea abies).
Na vrcholu Pecopaly jsou porosty květnatých i kyselých bučin a smíšené porosty. Ve smíšených roste smrk ztepilý (Picea abies), modřín opadavý (Larix decidua) a jedle bělokorá (Abies alba). Z listnáčů pak javor klen (Acer pseudoplatanus), habr obecný (Carpinus betulus), bříza bělokorá (Betula pendula) i dub letní (Quercus robur). Dále se v porostech vyskytuje douglaska tisolistá (Pseudotsuga menziesii), borovice vejmutovka (Pinus strobus), jasan ztepilý (Fraxinus excelsior) a topol osika (Populus tremula).
Z pestré flóry území jsou nejrozsáhlejší společenstva vodních rostlin, pobřežních rákosin, vysokých ostřic a rašelinišť. Ohrožena jsou nejvýznamnější společenstva rašelinišť, rašelinných borů, mokřadních luk a ostřic. V chráněném území bylo v posledních letech zjištěno přibližně 60 ohrožených druhů rostlin, např. kapraď hřebenitá (Dryopteris cristata), hlízovec Loeselův (Liparis loeselii), prstnatec pleťový pozdní (Dactylorhiza incarnata subsp. serotina), leknín bělostný (Nymphaea candida), hrotnosemenka bílá (Rhynchospora alba), rojovník bahenní (Ledum palustre) a vrba plazivá (Salix repens). Zvláště významný je opětovný nález kriticky ohrožené měkkyně bažinné (Hammarbya paludosa) z roku 1994, neboť měkkyně byla v rámci České republiky již považována za vyhynulou.
Rezervace je jedním z nejvýznamnějších mokřadů severních Čech. Do konce 20. století zde byl zaznamenán výskyt 164 ptačích druhů. Lokalita je hnízdištěm bukače velkého (Botaurus stellaris), jeřába popelavého (Grus grus) a orla mořského (Haliaeetus albicilla). Zaznamenán byl výskyt vydry říční (Lutra lutra). Z plazů se vyskytuje zmije obecná (Vipera berus) a ještěrka živorodá (Zootoca vivipara). Žije tu skokan štíhlý (Rana dalmatina), v bukových lesích Pece také mlok skvrnitý (Salamandra salamandra). Vrch Pec je hnízdištěm holuba doupňáka (Columba oenas), pozorován zde byl lejsek malý (Ficedula parva).
V průběhu malakozoologického výzkumu zde bylo zjištěno 49 druhů, převážně vodních, měkkýšů, 41 druhů plžů a 8 druhů mlžů.
Při jižním okraji Pecopaly byly nalezeny kriticky ohrožené druhy korýšů: listonoh letní (Triops cancriformis) a žábronožka letní (Branchipus schaefferi).
