Město Horažďovice bylo založeno na místě trhové osady jejíž počátky můžeme hledat hluboko v 10. století. Písemné zmínky se z tohoto nejstaršího období nedochovaly. Můžeme se opírat pouze o místní názvy nebo jména osob a je zajímavé že měli tyto názvy mnoho společného. Dosvědčuje tomu nejen název Horažďovice odvozený od osobního jména Gorazd, ale i zasvěcení kostelů sv. Klimentu na Práchni a sv. Petru v Horažďovicích. Kult obou světců stejně jako jméno Gorazd byli kdysi přímými účastníky budování Velkomoravské říše.
Pomineme ale nyní spekulace o počátcích osidlování zdejší krajiny a přesunem se k roku 1200, do doby krátce před založením města. V té době byly Horažďovice ještě vsí, jejíž středem byl kostel sv. Petra. Celému kraji pak vévodilo dřevěné hradiště na Práchni. V této době vrcholí kolonizace zdejšího kraje. Kolem Horažďovic tehdy vznikl unikátní soubor románsko-gotických kostelů jako center nově zakládaných vesnic. Stavebníci těchto kostelů vzešli ze stavebních hutí cisterciáckého kláštera v Nepomuku a z komendy johanitů ve Strakonicích. Je více než pravděpodobné že byl těmito stavebníky postaven také kostel v Horažďovicích který později ustoupil novému děkanskému kostelu. Pro představu, jak mohl kostel vypadat uvádím kostely v Hejné, Malém Boru nebo v Buděticích. Součástí kostela byla asi tvrz. Ta bývala spojena v patře dřevěným mostkem s kostelem. Majitelem takovéto tvrze byl v roce 1243 jakýsi Neustup z Horažďovic. Tato zmínka je pak nejstarším záznamem v dějinách Horažďovic. Neustup tehdy svědčil na listině pro Bavora ze Strakonic kde věnuje Bavor johanitům kostel a část hradu ve Strakonicích. Touto dobou nebo krátce před ní museli zastávat někteří členové rodu Bavorů funkci kastelána na Práchni, přesto že se o tom nezachovali písemné záznamy. Jak jinak si vysvětlit že se začali soustředit právě na osadu Horažďovice. Bavorové museli znát zdejší místo, aby si uvědomili nejen ekonomické možné příjmy z Vintířovi stezky, možnosti rýžování zlata na Otavě, ale hlavně strategickou polohu Práchně jako správního centra kraje. Přímým dohledem nad touto správou z nedalekých Horažďovic by si Bavorové mohli zajistit mocenskou kontrolu nad svým územím Horažďovicka, Blatenska a Strakonicka. Tuto domněnku podporuje další zmínka o Horažďovicích z roku 1251. Toho roku si Bavor nechává potvrdit předchozí zmíněnou listinu Přemyslem Otakarem II.. Horažďovice jsou zde zmiňovány ve výčtu darovaných vsí hned na druhém místě za Strakonicemi, kdežto v roce 1243 nejsou ještě zmíněny vůbec respektive je zmíněn jejich jiný majitel. Je tedy zřejmé,že se Bavorové cíleně připravovali na uchvácení strategické oblasti v těsné blízkosti Práchně, zároveň je ale pravděpodobné že nebýt Práchně město Horažďovice by asi založeno nebylo. Druhým momentem který předcházel založení města byl rok 1253 toho roku je zmíněn Bavor II.jako kastelán na hradě Zvíkově. Zde se setkává s Hirzem zdejším kastelánem uváděným v letech 1250,1263,1265-1268. Tento Hirzo je pro nás zajímavý tím, že pro krále Přemysla Otakara II. zakládá město České Budějovice roku 1265. Toho roku věnoval s pověřením krále dominikánům pozemek pro zřízení kostela a kláštera. Je více než pravděpodobné, že zde spolu Bavor s Hirzem řešili otázku zakládání měst, nebyl-li Hirzo přímo účasten při zakládání Horažďovic jako města.. Zmínku o Hirzově věnování pozemku dominikánům v zakládaných Českých budějovicích zde uvádím proto, že kostel tohoto kláštera posloužil jako model pro nově budovaný děkanský kostel v Horažďovicích, zároveň jeden klenební svorník v křížové chodbě kláštera dominikánů nese erb Bavorů ze Strakonic. Zvíkov neposloužil pro založení města Horažďovic pouze osobou purkrabího Hirza, ale s největší pravděpodobností také stavebníky hutě jež Zvíkov stavěla. Poté co byl dostavěn královský hrad Zvíkov, město Písek s královským hradem a s nejstarším dochovaným kamenným mostem tedy někdy po roce 1270 si zapůjčil Bavor II. tuto huť pro nově budované město pod Práchní.
K položení jakéhosi základního kamene nového města došlo v roce 1279. K tomuto roku se vztahuje listina se zmínkou o hloubení příkopů kolem města. Zakládání měst obecně začínalo vytyčením uliční sítě a následným lámáním příkopů, vytěžený kámen pak sloužil ke stavbě bran, hradeb a městského hradu. Ve výše zmíněné listině je psáno, že Bavor II. dává johanitskému řádu pět městišť neboli stavebních parcel uvnitř města, jako náhradu za pět městišť, které jim odkázal jeho otec Bavor I. a která zanikla s hloubením příkopů kolem města. Bavor I. zemřel roku 1260, takže zmíněných pět městišť zde museli mít johanité již před tímto datem. Johanité byli od roku 1251 majiteli fary a kostela v Horažďovicích. A po vzoru strakonického hradu se také zde stali společnými obyvateli města s rodem Bavorů.
Nevíme jestli tyto původní pozemky johanitů sahali až pod dnešní kostel sv. Jana Křtitele. Na místě tohoto kostela stávala snad původně kaple. Tu zasvětili johanité svému patronu sv. Janu Křtiteli. Toto zasvěcení převzala i stavba pozdějšího kostela..Tuto domněnku o starší stavbě na místě dnešního hřbitovního kostela podporuje množství archivních dokumentů, v kterých se řeší spor o vlastnictví kostela mezi obcí a johanity. Zůstaňme ještě chvíli u tohoto řádu. Ten si někde poblíž kostela na náměstí na svých přidělených parcelách postavil řádový dům zvaný komenda. Byla určena pro pět bratří. Komenda mohla být spojena přímo s kostelem nebo byla součástí dnešní fary. Mohl jím ale být také blok současných zámeckých budov, kde je dnes zámecká cukrárna a infocentrum. Komenda byla později vypálena a pobořena husity v roce 1421 a už nebyla nikdy obnovena. Založení Horažďovic bylo unikátní nejen tím, že si je postavila soukromá osoba ale také tím, že se stala nejstarším šlechtickým sídlem tohoto druhu v Čechách. Jinak na tom byla města královská, kde byl dostatek „státních“ peněz na jejich budování. Přesto čekala například Plzeň na své založení až do roku 1295 a Sušice do roku 1322. Už bylo řečeno, že se na zakládání města Horažďovic podílela královská stavební huť činná na hradě Zvíkově a v městě Písku. Se zkušenostmi s budováním těchto děl se zde začalo ve zmíněném roce 1279 s vytyčováním uliční sítě. Ta odpovídá s malými odchylkami současné podobě . Po vylámání příkopů byly stavěny brány. Dodnes se zachovala Pražská brána a branka k městskému mlýnu. Pražská brána vznikla současně s předsunutou parkánovou branou a je v Čechách zřejmě nejstarší a jedinou památkou tohoto typu opevnění. Přes tuto výjimečnost není této památce věnovaná náležitá pozornost a ochrana. Dnešní torzo druhé, jihovýchodní brány je zřejmě až z období pozdějších přestaveb z doby kolem roku 1500. Tyto brány pak byli pospojovány hradbami o výšce cca 4 metry a šířce kolem 1 metru. Ochoz hradby byl ukončen cimbuřím a to po celé její délce kolem města. Hradba byla rovná, jedinými jejími výstupky byla válcová věž, dnes zbořena, při dnešním vstupu do města od hotelu Prácheň. Druhým a posledním výstupkem této hradby byla půlválcová bašta, dnes ji uvidíme opravenou v místech zbořené synagogy. Jako součást města nesmělo chybět obydlí Bavora ze Strakonic.Tím se stal městský hrad. Podobně vznikly hrady v rámci měst například v Jindřichově Hradci, Třeboni nebo v Telči. V Horažďovicích stál tento městský hrad na místě dnešních zámeckých budov. Zachovala se z něj válcová věž čitelná v arkádovém loubí nádvoří a sklep původního paláce. Ten dnes slouží jako vinárna Pod věží a je tedy nejstarší klenutou místností ve městě někdy z doby kolem roku 1280. Dnes se tento sklep nachází pod zámeckým nádvořím. Její nadzemní patra byla ubourána při pozdější přestavbě tohoto hradu. Pro upřesnění, druhý pás hradeb tvořený charakteristickými čtverhrannými baštami je až z doby kolem roku 1470. Město bylo z větší části dostavěno roku 1293. Toho roku dne 18. června vyjímá král Václav II. na žádost Bavora ze Strakonic měšťany jeho města z pravomoci krajských úředníků a podřizuje je přímo Bavorovi. Zároveň uděluje král Václav II. městu znak. Dále se pokračuje se stavbou kostela na náměstí. Kostel byl po dostavbě vysvěcen neznámo kdy prizrenským biskupem Heřmanem (zemřel 1322). Řádoví bratři sloužící v tomto kostele mše, byli obdarováni Bavorem v roce 1298 třemi lány v lese Babín s loukami, horou Hřebnicí a potokem Bělicí (březový potok?). V roce 1300 se řeší první spory měšťanů mezi Rimbotou, Waltherem a Elblinem. Tyto první osudy vznikajícího města a jeho obyvatel mělo zakrátko prověřit královské vojsko Rudolfa I. Habsburského.
Obléhání Horažďovic předcházela složitá politická situace v Čechách poté, co byl zavražděn v Olomouci poslední člen vládnoucího rodu přemyslovců Václav III.v roce 1306. Na uvolněný trůn se snažil římský král Albrecht Habsburský dosadit svého syna Rudolfa na úkor Jindřicha Korutanského. To se povedlo silou a v polovině září roku 1306 vnikl král Rudolf s vojskem nejdříve na Moravu a pak dále do Čech. Zde jej vojenským vpádem od západu podpořil jeho zmíněný otec Albrecht. Česká šlechta se pustila do vyjednávání a raději Rudolfa I. zvolila 16. října 1306 českým králem, zatím co Jindřich Korutanský uprchl z Čech. Svůj nárok na českou korunu si Rudolf I. ještě upevnil sňatkem s vdovou po Václavovi II. s Eliškou Rejčkou. Proti zvolení Rudolfa I. se však vzbouřil jihozápad Čech v čele s Bavorem III. Ze Strakonic a Vilémem Zajícem z Valdeka. Rudolf I. proto pověřil Jindřicha z Rožmberka vedením výpravy proti Bavorovi III jemuž za tuto službu slíbil Zvíkov jako náhradu za Rakouské panství Raabs. V tu dobu patřila ještě funkce zvíkovského purkrabího Bavorovi ze Strakonic a mělo být jen otázkou času kdy bude Bavor III. pokořen na svém sídle v Horažďovicích. Někdy počátkem července se královské vojsko v čele s Jindřichem z Rožmberka utábořilo východně od města podle pověsti poblíž jarovského mlýna.Rudolf I. přezdívaný král kaše si nezískal svoji přezdívku zřejmě proto, že by měl potřebu šetřit na jídelníčku, problém byl spíše v jeho žaludečních problémech, které ho nutili ke snadněji stravitelným pokrmům. Vzhledem k tomu, že úplavici, jak bývá označován způsob jeho smrti podlehl pouze on a nikdo jiný z tábora nakažen nebyl, je zřejmé, že příčinou smrti byl spíše prasklý žaludeční vřed s následnou otravou v dutině břišní. Spekulovalo se také o tom, že byl král otráven, jak se tehdy psalo v Erfurtské kronice. Tuto domněnku vyvrátila až nedávná zkoumání kosterních pozůstatků antropologem Mudr. Emanuelem Vlčkem a nebyla zaznamenána žádná přítomnost jedu. Král zemřel v noci z 3. na 4. července roku 1307 v polním ležení. Před svou smrtí povolal údajně Rudolf I. do svého stanu dva přítomné opaty cisterciáckého řádu Heidenreicha ze Sedlce a Konráda ze Zbraslavi a v jejich přítomnosti učinil poslední vůli se vzkazem aby nebylo věřeno v úkladnou smrt. Přes Rudolfovu náhlou smrt Bavor podle pověsti kapituloval ….Někteří urození pak přivedli řečeného pana Bavora k temnému stanu, kde leželo tělo již mrtvého krále a on, dohnán strachem se vzdal hradu Zvíkova. Toho se vzápětí ujal pan Jindřich z Rožmberka. Ten prý nechal Rudolfovu mrtvolu obléci, v sešeřelém stanu, posadit na křeslo s vysokým opěradlem a podepřít ji, aby se neskácela. Vystrašený Bavor tak nic netuše kapituloval před nebožtíkem. Jeho mlčení si mohl vyložit jako vladařovu nechuť bavit se se vzbouřencem a Rožmberkovi pak na základě zfalšované listiny vydal Zvíkov. Zdali se pověst zakládá na pravdě, nebo Bavor postoupil Zvíkov Rožmberkovi dobrovolně na základě nějakých politických dohod se dnes již asi nedozvíme. Nárok Jindřicha z Rožmberka byl stvrzen 13 září roku 1307. Této události s podvodným vylákáním hradu Zvíkova se věnovala řada kronikářů jako Přibík Pulkava z Radenína, je zmiňována ve Zbraslavské kronice, nebo kronice tak řečeného Dalimila. Ten ve své kronice napsal:…potom Rudolt, český kníže, na Bavora svůj meč zved a vydechl v boji blíže Ohražďevic naposled. Rudolf I. byl ve svém věku 26 let pohřben v Praze v bazilice sv. Víta, definitivně pak přeneseny jeho ostatky roku 1373 do katedrály sv. Víta. Do hrobu dostal Rudolf I. luxusní roucho a stříbrné pozlacené korunovační klenoty. Ty nechala zhotovit vdova Eliška Rejčka. Tyto korunovační klenoty jsou dnes ojedinělým dokladem zlatnické práce této doby u nás.
Rudolf I. Habsburský