Majelis Wali Amanat (MWA) adalah badan tertinggi di universitas yang mewakili kepentingan pemerintah, kepentingan masyarakat dan kepentingan universitas itu sendiri. Keanggotaan MWA terdiri beberapa elemen, yaitu: Menteri (Bidang Pendidikan), Senat Akademik Universitas, Rektor, Masyarakat, Karyawan dan Mahasiswa yang kesemuanya diangkat/diberhentikan oleh Menteri untuk masa jabatan 5 tahun. Untuk mahasiswa, masa jabatan hanya terbatas setahun?digantikan oleh wakil dari mahasiswa yang lain yang lebih junior? mengingat tugas utama mereka yang harus menyelesaikan kegiatan perkuliahan.

Tugas utama MWA adalah menetapkan kebijakan umum universitas, mengangkat/memberhentikan pimpinan universitas, melaksanakan fungsi pengawasan dan pengendalian umum atas pengelolaan universitas dan melakukan penilaian kinerja pimpinan universitas.
Berikut ini adalah susunan kepengurusan MWA periode 2012-2013:

Ketua : Erry Riyana Hardjapamekas
Seketaris : Sidharta Utama, Prof. CFA, Ph.D
Anggota :
  • Prof. Mohammad Nuh
  • Prof. Dr. Ir. Muhammad Anis. M. Met.
  • Akmal Taher, Prof., Dr. dr, SpU (K)
  • Amal Chalik Sjaaf, Prof. dr., SKM, Dr.PH
  • Jatna Supriatna, Dr.
  • Kurnia Toha, Ph. D
  • Melani Budianta, Prof., Ph.D
  • Setyowati, Dra., S.Kp., MAppSc, Ph.D
  • Sidharta Utama, Prof. CFA, Ph.D
  • Erry Riyana Hardjapamekas
  • Farid A. Moeloek, Prof. Dr. dr. SP.OG
  • Satrio Budihardjo Joedono, Prof., Ph. D
  • Satryo Soemantri Brodjonegoro, Prof. Ph.D
  • Sumantri Slamet Iman Santoso,Ph.D
  • Tubagus Farich Nahril, Drs. MBA
  • Ach. Mukhtarul Huda, SHI, SH, M.Si,
  • M. Amar Khoerul Umam