Veintiún años después de ser creada la Diócesis de Madrid-Alcalá se inaugura en la calle de San Buenaventura la nueva sede del Seminario Diocesano: un edificio de estilo neomudéjar construido sobre el solar del que fuera palacio de los Duques de Osuna. Hasta entonces, el Seminario había funcionado provisionalmente en la última planta del obispado en la calle de la Pasa.
Pasando los años, al aumentar el número de alumnos, aquel edificio primero fue ampliado por sus lados norte y sur con dos nuevos pabellones. En 1950, Madrid contaba con un nuevo edificio a la altura de las necesidades.
Se erige el Estudio Teológico como prolongación de la actividad docente que, desde su fundación, venía desarrollando el Seminario Diocesano. Aquel mismo año quedó afiliado a la Universidad Pontificia de Comillas mediante un convenio ratificado por la Congregación para la Educación Católica.
Para responder a las necesidades eclesiales en el campo catequético y de la formación de laicos y religiosos, se crea el Instituto Superior de Ciencias Religiosas y Catequéticas como fruto de la fusión de la Sección de Teología catequética de la Universidad Pontificia de Salamanca y del Instituto de Ciencias Religiosas y Catequética erigido dos años antes por la Archidiócesis de Madrid-Alcalá y dependiente de la Universidad Pontificia de Comillas.
Comienza la Escuela de Expertos en Catequesis con la finalidad de formar a los que desempeñan tareas de responsabilidad en la programación y coordinación de la acción catequética.
Se inician las gestiones para unificar el Estudio Teológico y el Instituto en una sola institución académica. Comienzan los cursos de capacitación de profesores de E.G.B. para la Enseñanza Religiosa Escolar.
Ante la demanda de formación para trabajar pastoralmente en este campo, se inicia la Escuela Diocesana de Agentes de Pastoral de Juventud.
En el mes de junio se erige la Cátedra "Concilio Vaticano II" para el estudio, investigación y difusión de las enseñanzas del Concilio.
Tras un largo proceso, iniciado en 1980, la Congregación para la Educación Católica aprueba el convenio y los estatutos del Instituto Superior de Teología, Ciencias Religiosas y Catequéticas "San Dámaso", fruto de la unificación el Estudio Teológico y del Instituto de Ciencias Religiosas.
Se inaugura la Escuela Superior de Liturgia, un ámbito de reflexión y formación especializada en Pastoral Litúrgica de la Iglesia.
En junio, la Congregación para la Educación Católica acepta la solicitud de la Archidiócesis de Madrid para poner fin a la doble dependencia del Instituto "San Dámaso" respecto de las Universidades de Comillas y Salamanca, de manera que en adelante pueda depender sólo de esta última. Se firma un nuevo convenio entre la Archidiócesis y la Universidad Pontificia de Salamanca, con el cual se logra una situación más definitiva y estable del mismo Instituto.
Se unifican las distintas escuelas de Pastoral bajo el nombre de Escuela Diocesana de Agentes de Pastoral. Dentro de ésta, comienzan las secciones de Acción Social de la Iglesia, Pastoral Sanitaria y Pastoral Litúrgica para formación de grado medio en estas especialidades. A éstas se sumarán la de Catequética, Pastoral de Juventud y Comunicación Social.
El 28 de abril el Cardenal Arzobispo de Madrid D. Ángel Suquía Goicoechea reconoce por decreto la constitución de la Fundación San Justino, dedicada a la promoción del estudio y el conocimiento de la tradición cristiana, germen del futuro Instituto San Justino.
El 10 de agosto, la Congregación para la Educación Católica erige canónicamente el Centro de Estudios Teológicos "San Dámaso" y aprueba sus estatutos. El Centro queda integrado por el Instituto Superior de Teología y el Instituto Superior de Ciencias Religiosas.
El 16 de julio el Cardenal Arzobispo de Madrid D. Ángel Suquía Goicoechea aprueba la creación del Instituto Diocesano de Filología Clásica y Oriental San Justino, dedicado a la enseñanza de lenguas clásicas y orientales, y dotado de un fondo bibliográfico propio.
El Centro suscribe acuerdos con el Instituto Diocesano de Filología "San Justino" para intercambio de profesores y reconocimiento de cursos impartidos en ambas instituciones y con el Seminario de Madrid para uso de locales y Biblioteca.
La Universidad Pontificia de Salamanca aprueba ad experimentum durante tres años el Reglamento del Centro y los nuevos planes de estudios del Ciclo Institucional en el Instituto Superior de Teología y de Licenciatura en el Instituto Superior de Ciencias Religiosas.
A la vista de la importancia adquirida por el Centro de Estudios en la Archidiócesis de Madrid y de las expectativas abiertas por la erección de la nueva Provincia Eclesiástica, el Excmo. Sr. Arzobispo de Madrid, D. Antonio Mª Rouco Varela, inicia las gestiones para su constitución en Facultad de Teología.
El 19 de septiembre, es erigida, por la Congregación para la Educación Católica, la Facultad de Teología "San Dámaso", en la que queda integrado el Instituto Superior de Ciencias Religiosas "San Dámaso".
Se traslada la sede de la Facultad de Teología a la calle Jerte, 10.
La Congregación para la Educación Católica aprueba los nuevos Estatutos del Instituto Superior de Ciencias Religiosas.
La Congregación para la Educación Católica erige el Instituto de Derecho Canónico como un instituto sui iuris de la Archidócesis de Madrid con la facultad de conceder el grado académico de Liceciatura en Derecho Canónico.
La Congregación para la Educación Católica erige la Facultad de Filosofía "San Dámaso".
El Instituto Diocesano de Filología Clásica y Oriental San Justino suscribe con la Sociedad Española de Estudios Clásicos (SEEC) un convenio de colaboración para los cursos de Latín, Griego y Etrusco.
El hasta ahora Instituto "San Justino", merced al decreto de la Congregación para la Educación Católica, se erige en Facultad de Literatura Cristiana y Clásica "San Justino.
La congregación para la Educación Católica erige la Facultad de Derecho Canónico San Dámaso.
La congregación para la Educación Católica erige la Universidad Eclesiástica San Dámaso en la que quedan integradas las Facultades de Teología, Filosofía, Derecho Canónico, Literatura Cristiana y Clásica San Justino y el Instituto Superior de Ciencias Religiosas.
La congregación para la Educación Católica erige el nuevo Instituto Superior de Ciencias Religiosas San Dámaso en dos secciones: presencial y a distancia
Es el resultado de la integración del ISCCRR a distancia San Agustín al ISCCRR San Dámaso.