Sejarah kehadiran MZB, yang lebih  dikenal oleh masyarakat ilmiah sebagai Museum Zoologicum Bogeriense, tidak dapat dipisahkan dengan nama DR. J.C. Koningsberger, seorang ahli zoologi pertanian yang betugas untuk meneliti hama dan penyakit tanaman, terutama yang menyerang tanaman produktif yang menghasilkan pendapatan tinggi bagi pemerintahan Belanda pada masa itu. Dimulainya kerja Koningsberger di Bogor pada bulan Agustus 1894 tersebut kemudian ditetapkan sebagai hari jadi MZB.

Koningsberger mengawali kerjanya dengan mempelajari hama dan penyakit tanaman pertanian. Di ruang kerjanya yang semula adalah tem pat penyimpanan kereta kuda, banyak specimen binatang, terutama serangga yang dikumpulkannya. Pada saat itu sebagian peranan sebuah museum, yaitu mengumpulkan, merawat, meneliti, dan memamerkan koleksi mulai terpenuhi.

Obsesi untuk menyamai keberhasilan Museum Colombo yang dikunjunginya pada tahun 1898 bersama DR. M. Treub, Koningsberger terus berusaha  menambah contoh -contoh fauna yang dapat menjadi koleksi sebuah museum zoologi. Dengan bantuan berbagai pihak, termasuk Treub, pada pertengahan tahun 1900 pembangunan museum pun dimulai dan pada akhir bulan Agustus 1901 gedung museum seluas 402 m2 sudah siap digunakan untuk memamerkan koleksi fauna yang telah dikumpulkan Koningsberger. Museum tersebut kemudian diberi nama Landbouw Zoologisch Museum.

Sejak berganti nama menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Zoologi pada tahun 1987, lembaga di bawah naungan Pusat Penelitian dan Pengembangan Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia ini, mengembangkan kegiatannya tidak sebatas sebagai museum yang berkecimpung di bidang taksonomi, tapi juga melakukan penelitian dan pengembangan di bidang ekologi dan fisiologi fauna.
Saat ini, dalam usianya yang lebih dari satu abad, MZB telah berhasil menjadi museum fauna terbesar di Asia Tenggara. Mutu spesimen yang tersimpan berstandar internasional.