Le soutien officiel de l'entreprise commerciale de Villa Cisneros fut con-firmé lorsque Moret, l'un des plus fervents partisans de la Compagnie commerciale hispano-africaine, fut nommé Ministre des Affaires étrangères en novembre 1885, après la chute du gouvernement de Cànovas del Castillo. En janvier 1886, une force navale fut basée aux Canaries en vue de "consolider la souveraineté espagnole sur la côte occidentale de l'Afrique".

Ensuite, le 6 avril 1887, un décret étendit la juridiction espagnole à250 kilomètres à l'intérieur des terres et transféra l'administration de la colonie, qui ne portait plus le nom de protectorat, à un "sous-gouverneur politique et militaire", résidant à Villa Cisneros et responsable du capitaine. L'un de ses principaux soucis au début fut de résister aux attaques des Sahraouis hostiles à la présence espagnole.

A partir de 1885, on posta à Villa Cisneros une petite garnison de 25 soldats, relevée tous les trois mois lorsque les réserves d'eau fraîche arrivaient par bateau des Canaries.Mais ce campement fut pillé le 24 mars 1887, puis à nouveau en mars 1892, quand deux bateaux, le Tres de Mayo et Las Marias furent attaqués, et le 2 novembre 1894.

Ces pillages ne prirent fin que lorsqu'un accord fut conclu, le 2 mars 1895, avec le cheikh Ould Laroussi - l'un des chefs des Ouled Delim, la tribu locale la plus puissante - qui promit de "veiller au bon déroulement des transactions et de ne pas empêcher les relations, quelles qu'elles soient, entre les indigènes et les Espagnols, et enfin de réparer les dommages qui pourraient être causés par l'un de ces sujets. Ould Laroussi pressentit sans doute que les Ouled Delim avaient davantage à gagner en commerçant avec Villa Cisneros qu'en l'attaquant. Cependant, pour la Compagnie commerciale hispano-africaine, Villa Cisneros fut un échec total sur le plan commercial. On avait espéré que ce comptoir attirerait les caravanes chargées de richesses venues d'Afrique : il n'en fut rien. Villa Cisneros se trouvait trop loin des routes caravanières traditionnelles.

Manifestement, la France voulait dédommager l'Espagne de la perte d'importants territoires dans le Nord marocain et le Sous, en reconnaissant la pleine souveraineté de l'Espagne entre les parallèles 26° et 27° 40', territoire que l'on appellera par la suite la Seguira el Hamra, d'après le nom de la principale rivière qui le traverse.

De plus, comme Cambon l'avait appris à Londres en avril 1904, la Grande Bretagne ayant renoncé à ses vues colonialistes en Afrique du Nord Ouest, ne souhaitait plus maintenir la clause de l'accord signé en 1895 avec le makhzen qui reconnaissait que la souveraineté du Maroc s'étendait, au sud, jusqu'au cap Bojador.

Et la France, comme l'Espagne, savaient qu'aucun représentant officiel, ni aucune troupe marocaine n'étaient postés plus loin au sud que le comptoir de Tarfaya, situé à 28 kilomètres au nord du parallèle 27° 40', que Mackenzie avait abandonné en 1895.

La "pleine liberté d'action" de l'Espagne dans le Seguiet el-Hamra fut confirmée huit ans plus tard, le 12 novembre 1912, par la convention finale fixant les frontières des zones d'influence française et espagnole au Maroc et au Sahara. Cette convention faisait suite à l'accord franco-allemand du 4 novembre 1911 par lequel l'Allemagne, l'un des plus grands rivaux de la France, acceptait enfin la prépondérance de la France au Maroc ; cinq mois plus tard, le 30 mars 1912, fut signé le traité de Fès par lequel le sultan Moulay Hafid plaçait son pays sous la "protection" de la France.