En sus primeros años de vida, la entidad tomó un desafío grande: el de representar a la provincia en el voley nacional. Para ello, en la temporada 2000-2001 ganó el ascenso y se adjudicó una plaza en la Liga Nacional, con un equipo bien cordobés con jóvenes que demostraban un futuro inmenso, más la experiencia de dos extranjeros y la del central Marcelo Gigante.

En su primera experiencia en la elite (2001-2002), Alianza terminó en la octava posición, siendo la revelación del torneo y quedando muy cerca de eliminar al que fuera el campeón, Rojas Scholem, en una serie de cuartos de final tremenda que cedió por 3 a 2. En la temporada siguiente, la 2002-2003, se formó un equipo para pelear más alto, que le trajo muchas alegrías a la zona. La consolidación de Gustavo Scholtis, Guillermo García y Javier Filardi le dio forma al nombre de "Los Cara Sucia", quienes le dieron batalla a más de uno y terminaron terceros, perdiendo en semifinales 3-1 frente a Bolívar, que luego sería campeón por primera vez en su historia.

La Liga 2003-2004 fue la más difícil para Alianza Jesús María: padeció un gran recambio, sufrió la salida de sus máximos referentes y terminó en la décima ubicación. De la mano de un entrenador muy reconocido como Antonino Conti y el regreso de Scholtis, Da Silva y Filardi, más las incorporaciones de Lucas Chávez y Pablo Peralta, la Liga 2004-2005 entregó un nuevo octavo lugar, con eliminación en cuartos de final a cargo de Bolívar.

El tercer puesto en la Liga 2005-2006 dejó un recuerdo imborrable. Además del gran funcionamiento del equipo en el campo de juego, se generó algo muy especial con el público. Horacio Bastit en el banco, Scholtis y Chávez como estandartes, Federico Sorrentino, Miguel García, Enrique Laneri y el colombiano Omar Zapata fueron los que estuvieron muy cerca de meterse en la final, derrotados 3-2 por Rosario Sonder en una quinta semifinal en suelo santafesino, con un masivo apoyo de la gente de Jesús María.

Por problemas económicos, la plaza fue cedida a Belgrano de Córdoba para la Liga 2006-2007. Recién en el 2014, un grupo de amantes del voley, con Mario Picat a la cabeza, se propuso devolverle a Alianza el lugar que se merece en el vóley nacional. Y en el 2015, el sueño del ascenso se hizo realidad. De la mano de Cristian Ventura y con jugadores de renombre como Scholtis y Mauricio Viller, Alianza se consagró campeón de la A2 en la cancha de River y volvió a la máxima categoría.

Así, en la temporada 2015-2016, Los Potros presentaron un plantel muy similar al que obtuvo el ascenso, sumando al opuesto cordobés Martín Hernández y a Luciano Zornetta, quien venía de una gran temporada con la Selección Argentina. El equipo de Ventura terminó en el noveno lugar, dándole rodaje y experiencia a varios jóvenes locales.