Ante las vagas palabras de Alsina, los tres comisionados volvieron a visitar al gobernador porteño el día 7 del mismo mes, solicitándole "Paz, paz, en cualquier forma". Pero la lucha entre porteños y confederados se inició de todos modos. Al respecto, Hotham hizo a Malmesbury una descripción interesante de la intransigencia de los hombres de gobierno porteños, sus ex aliados en los tiempos de la batalla de Obligado:

Durante mucho tiempo he estado tratando con esta gente (Alsina y los suyos) y los conozco positivamente. Si llega el tiempo en que el gobierno de Buenos Aires se encuentre sin una sombra de esperanza, puede ser que se atiendan a consejos; pero en tanto piensen que tienen una caña para asirse se van a engañar a ellos mismos, creerán que pueden flotar y prolongarán una crisis peligrosa al país y desastrosa al comercio europeo (3).

Tras el fracaso de las fuerzas porteñas en Concepción del Uruguay frente a las tropas correntinas, y una vez obtenida la seguridad de que Urquiza no caería, Hotham y Saint-Georges viajaron junto con Pendleton a Paraguay para convencer a su presidente Carlos Antonio López de las ventajas de la apertura de los ríos al libre comercio. Luego de muchas negociaciones finalmente firmaron un arreglo satisfactorio con López. En marzo de 1853 estaban de vuelta en Buenos Aires con intenciones de firmar un tratado similar con Urquiza. El representante norteamericano en Río de Janeiro, Robert Schenck, se trasladó al Río de la Plata para colaborar con su colega en las tratativas (4).
    En abril de dicho año, Urquiza consultó a los representantes extranjeros acerca de la posibilidad de bloquear Buenos Aires. Hotham le dijo que Gran Bretaña no se oponía a la idea, pero a cambio de un tratado internacional de libre navegación, planteando la situación en los siguientes términos:

Una navegación libre por decisión unilateral, como el decreto de Urquiza de agosto pasado o la ley de Buenos Aires de octubre, podían revocarse por voluntad de sus dictantes. Pero un tratado internacional sería un compromiso irreversible (5).

Con estas palabras, Hotham ponía los puntos sobre las íes. Pero nada se avanzó en lo concerniente a un tratado internacional de libre navegación, porque la aprobación del bloqueo por Hotham produjo un cisma en la colonia británica residente en la ciudad porteña, afectada en forma directa por esta medida. Se constituyó una Sociedad de Extranjeros, presidida por un hombre de negocios británico, Wilfrid Latham, para pedir por el levantamiento del bloqueo. Pero el el presidente de la Comisión de Comerciantes Británicos se negó a afiliarse a aquélla y Hotham trabajó para contrarrestar sus actividades porque la consideraba un instrumento del gobierno porteño (6).
    Ante el progresivo desmoronamiento, hacia fines de junio y principios de julio de 1853, de las fuerzas confederadas encargadas de sitiar a Buenos Aires, conducidas por Hilario Lagos y corrompidas por el dinero proveniente del gobierno porteño, Urquiza buscó desesperadamente el respaldo de Londres para finiquitar su enfrentamiento con dicho gobierno. El director provisorio de la Confederación solicitó sin traumas la intervención de Londres "con las armas que su gobierno tiene a su disposición en el Río de la Plata, a fin de prevenir las hostilidades que se hacen en nombre de una autoridad que Su Excelencia no reconoce ni puede reconocer" (7). Hotham rechazó el pedido de Urquiza.
    El director provisorio entonces decidió recurrir al ministro brasileño Silva Pontes, pensando en una intervención imperial como la que se había efectuado en el Estado Oriental al calor de los tratados de octubre de 1851, firmados entre las autoridades imperiales y el oriental Andrés Lamas, que le otorgaban al Imperio el derecho de intervención en territorio oriental (8). En su desesperación por conseguir el cierre de la guerra con Buenos Aires, Urquiza procuraba extender a la Confederación Argentina el alcance de los tratados de 1851 -que convertían a la República de Uruguay en un protectorado brasileño-. Pero la respuesta de Silva Pontes fue idéntica a la del comisionado inglés: "por sus instrucciones debía guardar la más estricta neutralidad en el conflicto argentino" (9).
    El director de la Confederación Argentina decidió entonces retirarse y dejar a Buenos Aires por su lado. El 10 de julio solicitó a Hotham que llevara su propuesta de negociación al gobierno porteño. El comisionado inglés aprovechó la circunstancia para recordar a Urquiza el tratado de libre navegación, hubiera o no arreglo con la disidencia porteña. Incluso informó a Saint-Georges, Schenck y Pendleton de la excelente oportunidad para firmar acuerdos de libre navegación que abría la prolongación del conflicto entre Buenos Aires y Paraná. Pendleton, de acuerdo con Hotham, expresó en su informe del 24 de julio de 1853: "era una ocasión apropiada para proponer una mediación entre las partes, con vistas, primero a llegar a un acuerdo pacífico, si posible, y en caso de que esto pudiera o no ser hecho, a firmar un tratado, con el Director, en lo relativo a la navegación de los ríos" (10).
    En opinión de José María Rosa, ya fuera porque los comisionados extranjeros desconfiaron de la postura flexible de Urquiza, o porque quisieron aprovechar sus difíciles circunstancias, éstos exigieron al director de la Confederación la firma de un tratado de libre navegación como condición previa a cualquier tipo de mediación. H.S. Ferns y James R. Scobie, en interpretación diferente, consideran que Urquiza buscaba obtener un tratado que garantizase el libre tránsito al comercio extranjero en los ríos interiores argentinos, de manera que Gran Bretaña, Francia y los Estados Unidos se vieran obligados a proteger la libre navegación en el caso de que la provincia de Buenos Aires intentara cortar las comunicaciones de la Confederación con el exterior. Lo cierto fue que, por una razón u otra, Urquiza aceptó y firmó el 10 de julio, en la localidad de San José de Flores, junto a Hotham y Saint-Georges un documento redactado por los comisionados inglés y francés, que establecía el reconocimiento por parte de la Confederación de la libre navegación. En el artículo 1º se establecía que

la Confederación Argentina en el ejercicio de sus derechos soberanos permite la libre navegación de los ríos Paraná y Uruguay en toda la parte de su curso que le pertenezca, a los buques de todas las naciones, sin sujección únicamente a las condiciones que establece este tratado y a los reglamentos sancionados o que en adelante sancionare la autoridad nacional de la Confederación.

En el artículo 2º se disponía que los ciudadanos de ambos países podían libremente acudir con sus buques y cargas a todos aquellos parajes, puertos y ríos en sus respectivos territorios hasta donde se permitía llegar a los buques y cargas de cualquier otra nación, incluyéndose en esta liberalidad "a los navíos de guerra de ambas naciones". En otros artículos se establecía la cláusula de nación más favorecida, no pudiendo existir tratamiento aduanero diferencial; la no fortificación de la isla Martín García y el tráfico libre del Plata y sus afluentes aun en el caso de guerra entre Estados, provincias o repúblicas ribereños. Se reservaba al Brasil, Paraguay y Uruguay el derecho de adherir a estos tratados, en el caso de estar dispuestos a aplicar los mismos principios "a las partes que les corresponde de los ríos Paraná, Uruguay y Paraguay" (11). De este modo, Inglaterra y Francia lograban por la vía diplomática revertir el resultado de los tratados Arana-Southern y Arana-Lepredour.
    Ese mismo día 10 de julio de 1853, los comisionados Hotham, Saint-Georges, Schenck y Pendleton discutieron con Urquiza los términos de la mediación, y convinieron sus puntos esenciales: fin de la guerra entre la Confederación y Buenos Aires, reconocimiento de las autoridades porteñas y de su autonomía política, retiro de las tropas sitiadoras, pago de una indemnización por parte de los sitiados. El sitio a Buenos Aires terminó el 13 de julio, anudándose un acuerdo entre las autoridades porteñas, los comisionados extranjeros y Urquiza, que rápidamente estalló en escándalo al ser conocido públicamente en Buenos Aires y en San José de Flores. En la capital porteña, el descontento fue contra los ministros que salvaban a Urquiza y para colmo lo indemnizaban. En Flores hubo malestar porque Urquiza hacía abandono de quienes se habían jugado por su causa.