我的狐仙女友故事讲述从乡下转学到都市学校的小山田耕太,转学第一日就受到学园第一美少女源千鹤的热烈告白,同时得知她不为人知的秘密,从此和身为妖怪的千鹤展开了热闹的交往。
整个故事便围绕在人类男主角?小山田耕太与狐仙女友源千鹤、狼妖犹守望之间的欢乐三角学园恋情上。