W nowym sezonie trenerem Widzewa nie był już Franciszek Smuda. Zastąpił go były pomocnik Widzewa, Andrzej Pyrdoł. Wraz ze zmianą trenera zmieniono skład zespołu. Z Widzewem pożegnali się Jacek Dembiński (HSV Hamburg), Andrzej Kobylański (Hannover 96), Arkadiusz Onyszko (Viborg FF), Bleriot Heuyot (Lech Poznań). Na boiskach w barwach Widzewa nie pojawił się już czwórka wychowanków, którzy w poprzednim sezonie debiutowali w Ekstraklasie w „Czerwono-biało-czerwonych” barwach (Krzysztof Pieprzyk, Mariusz Reksuł, Piotr Głusiński i Sławomir Sałaciński). Po kontuzji wrócił Marek Citko. Na Piłsudskiego wrócili także Sławomir Gula, który wcześniej reprezentował barwy Ruchu Chorzów oraz Sławomir Chałaśkiewicz, były gracz niemieckiego FC Carl Zeiss Jena. Do Widzewa dołączyli także Łukasz Gorszkow (Górnik Zabrze), Rafał Kaczmarek (Stomil Olsztyn), Andrzej Borowski (Chojniczanka Chojnice), Krzysztof Maciejczuk (Jagiellonia Białystok), Mirosław Matejko (Hetman Białystok), Chioma Chimezie (Hutnik Warszawa), Tomasz Lech (Gwardia Warszawa) oraz Michał Pietrzak (Łodzianka). W barwach Widzewa zadebiutowała także trójka zawodników ze Zduńskiej Woli, Adrian Budka, Łukasz Masłowski i Michał Stasiak. Do pierwszego składu awansował wychowanek Widzewa, Piotr Bazler.

W pierwszym spotkaniu zawodników Widzewa prowadził Andrzej Pyrdoł. Debiut nie wypadł zbyt okazale, ponieważ Widzew poległ w Radzionkowie z Ruchem aż 0:5. W następnym spotkaniu na ławce trenerskiej zasiadł Wojciech Łazarek. W pierwszym spotkaniu pod wodzą "Baryły" Widzew przegrał na swoim stadionie z Górnikiem Zabrze. Dwie porażki, zero punktów, ani jednej strzelonej bramki i aż sześć straconych dały drużynie z Łodzi ostatnią pozycję. Jednak zespół Łazarka zaczął wygrywać. Cztery spotkania, cztery zwycięstwa i Łodzianie awansowali na szóstą pozycję. W VII kolejce czekała Widzewiaków podróż do Warszawy na mecz z Legią, która liderowała. Mecz zakończył się porażką przyjezdnych 0:1. Bardzo ciekawy przebieg miało spotkanie dziewiątej kolejki pomiędzy GKS Bełchatów a Widzewem. Łodzianie po godzinie gry prowadzili już 2:0 i wydawało się, że nic im nie odbierze kompletu punktów. Wystarczyły trzy minuty i na tablicy widniał już wynik 2:2. W ostatnich minutach kolejnego karnego wykorzystał Jacek Krzynówek (pierwszy dał remis drużynie z Bełchatowa) i coś, co wydawało się niemożliwe, stało się faktem. To Widzew wcześniej grał do końca i potrafił ograć rywala w doliczonym czasie, a teraz to on został ograny tuż przed końcowym gwizdkiem. W kolejnych dwóch spotkaniach Widzew znów nie zdobył punktów, raz zremisował i raz przegrał. Na szczęście nie wpłynęło to pozycję klubu w lidze. Po XII kolejce w klubie nastąpiła druga już zmiana szkoleniowca. Łazarka na ławce zastąpił były gracz  Widzewa, srebrny medalista Mistrzostw Świata Espania'82, Marek Dziuba. W debiucie, tak jak jego poprzednicy Dziuba poległ w Chorzowie. Mimo wszystko końcówka rundy zapowiadała się bardzo pasjonująco. W przedostatniej kolejce Widzew podejmował na własnym boisku wicelidera z Poznania. „Kolejorz” przegrał w Łodzi 0:3, po dwóch trafieniach byłego piłkarza Lecha, Artura Wichniarka i jednym Daniela Bogusza. Jeszcze ciekawiej zapowiadało się spotkanie z Łódzkim Klubem Sportowym, na stadionie rywala. ŁKS był aktualnym Mistrzem Polski, któremu nie wiodło się w lidze. Dopiero jedenasta pozycja nie stawiała gospodarzy jako murowanych faworytów. Widzew po trafieniu Mirosława Szymkowiaka w pierwszej połowie wyszedł na prowadzenie. Tego prowadzenia nie oddał do końca spotkani i wywiózł z tego gorącego terenu trzy punkty. Efektywna końcówka rundy pozwoliła zakończyć rok 1998 na piątej pozycji w lidze. Pozycja była wysoka, ale strata do liderującej Wisły Kraków wynosiła aż piętnaście punktów.

W przerwie zimowej z Widzewem rozstali się Rafał Siadaczka (FK Austria), Arkadiusz Świętosławski (Włókniarz Konstantynów Łódzki), Krzysztof Maciejczuk (Stomil Olsztyn) oraz Sławomir Chałaśkiewicz, który przeniósł się do Startu Łódź. Po rozegraniu trzech spotkań w sezonie 1998/99 Marek Szemoński wzmocnił atak Lecha Poznań.

Widzew okres przygotowawczy przepracował bardzo dobrze. W pierwszym spotkaniu rundy wiosennej piłkarze Widzewa lekko „odgryźli” się zawodnikom z Radzionkowa za pogrom z rundy jesiennej i wygrali w Łodzi 2:1. W kolejnych czterech spotkaniach Widzewiacy pokonali Górnik Zabrze, Amice Wronki, Pogoń Szczecin i GKS Katowice. Po dwudziestu kolejkach piłkarze „Czerwono-biało-czerownych” wskoczyli na pozycję wicelidera. Jednak strata do Wisły wynosiła dwanaście punktów i mało realne było, aby można ją było zniwelować. Porażka z Odrą Wodzisław Ślaski na wyjeździe nie była dobra dla zespołu, tym bardziej, że w następnej kolejce Widzew gościł u siebie mającą o dwa punkty mniej warszawską Legie. Widzew w pierwszej połowie strzelił bramkę na 1:0, a chwilę później zawodnik „Wojskowych” strzelił bramkę samobójczą i Widzew schodził na przerwę z dwubramkową przewagą. W drugiej połowie Legia w ciągu siedmiu minut doprowadziła do remisu. Na dziesięć minut przed końcem bramkę dającą ponownie prowadzenie zdobył Radosław Michalski. Ten sam zawodnik nie wykorzystał rzutu karnego w doliczonym czasie, ale nie miało to negatywnych konsekwencji dla Widzewa. Piłkarzom Widzewa starczyło sił tylko na jeden warszawski zespół. W następnej kolejce Widzew nie dał rady na Konwiktorskiej Polonii i przegrał 1:2. W trzech kolejnych spotkaniach Widzew nie stracił ani jednej bramki, a w każdym z tych meczów strzelał po jednej rywalowi. Największe znaczenie miało spotkanie z Wisłą w Łodzi. Zespół „Białej Gwiazdy” zapewnił sobie tytuł mistrzowski już kolejkę wcześniej, więc do Łodzi przyjechał „na luzie”. Widzew to wykorzystał i pokonał nowego mistrza 1:0 po bramce Andrzeja Michalczuka z karnego. Trzy mecze bez zwycięstwa spowodowały, że Widzew opuścił pozycję wicelidera na rzecz Lecha Poznań. Tak słaba postawa spowodowała, że Widzew spadł na czwartą pozycję. W ostatniej kolejce na stadion przy Piłsudskiego przyjechał ŁKS. Widzewiacy pokonali swoich rywali 5:0, a karnego nie wykorzystał Artur Wichniarek. W tym spotkaniu trzy bramki strzelił Wichniarek, a po jednej dołożyli Dariusz Gęsior i Arkadiusz Świętosławski. W tym spotkaniu w pierwszej połowie na bramce stał Bogusław Wyparło. W drugiej jego miejsce na bramce zajął Michał Sławuta.

Widzew zakończył sezon na drugiej pozycji i zdobył siódmy tytuł wicemistrza kraju. Rozgrywki zdominowała Wisła Kraków, która zakończyła sezon z przewagą aż 17 punktów nad Widzewem. Wśród „Czerwono-biało-czerwonych” najskuteczniejszym zawodnikiem okazał się Wichniarek, który zdobył 20 goli. Najwięcej czasu na boisku spędził Tomasz Łapiński, którego wreszcie przestały nękać kontuzje.