O topónimo Lisboa tem, segundo José Pedro Machado (Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, s.v. Lisboa), «[...] origem pré-romana, não se sabendo ao certo a significação original do vo[abulário]». Há quem lhe atribua origem fenícia: Alis-Ubbo, «enseada amena» (cf. Bárbara Fraticelli, la Imagen de La Ciudad de Lisboa, entre lo Real y lo Imaginario, Madrid, Universidad Complutense de Madrid, 2001, págs. 17 e 53). No entanto, a etimologia mais plausível não é fenícia: o elemento -ipo ou -ippo, que ocorria com grande frequência no ângulo sudoeste da Península Ibérica em topónimos da Antiguidade, ligados à chamada civilização de Tartessos (Sul da Lusitânia e Bética Ocidental; cf. Collippo, atual Leiria; Calippo, o atual rio Sado e talvez antigo nome de Alcácer do Sal; ver também artigo da Wikipédia em espanhol) terá origem pré-celta ou até pré-indo-europeia, mas não parece ter relação com línguas da família semítica como o fenício (cf. Machado, op.cit., s.v. -ipo, -ippo).

Ao contrário da lenda em que se conta que a cidade foi fundada por Ulisses, tem maior probabilidade a hipótese de a sua fundação remontar aos Tartéssios ou aos Fenícios, que acharam no estuário do Tejo um excelente porto, no caminho mais para norte, para regiões ricas em minérios, situadas no Noroeste peninsular (cf. Martín Almagro-Gorbea, "La Colonización de la Costa Atlántica de Portugal: ¿Fenicios o Tartesios?", Paleohispanica 9 (2009), págs.113-142). O Romanos adaptaram o nome fenício para Olisippo (talvez já modificada por alguma língua pré-romana falada pelos indígenas da zona de Lisboa), e os Árabes voltaram a modificar a sua estrutura fonética: Al-Ushbuna.