Родился 31 марта 1959 г. в г. Магадане.
В 1984 г. окончил исторический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
Работал в государственных и общественных организациях в сфере международного туризма.
В 1990-2000-х гг. был генеральным директором туристической компании "Mosco" ("Моско"). В настоящее время, по данным "Спарк-Интерфакс", остается ее совладельцем (доля в уставном капитале 16%). С начала 2000-х гг. компания привлекалась Администрацией президента РФ к обеспечению зарубежных и внутрироссийских поездок главы государства.
В 2000-х гг. занимал пост президента Ассоциации туристических организаций "Астор". Также возглавлял комитет по въездному туризму Российского союза туриндустрии.
В 2002 г. перешел на работу в Администрацию президента РФ, до 2004 г. являлся заместителем начальника Управления протокола президента РФ (начальник управления - Виталий Меньшиков).
С 2005 по 2007 г. – референт Управления пресс-службы и информации президента РФ (руководитель управления – Наталья Тимакова).
В 2007-2008 гг. – заместитель директора департамента пресс-службы, информации и протокола Аппарата правительства РФ Александра Жарова (с 2012 г. – руководитель Роскомнадзора).
В 2008 г. Михаил Брюханов вернулся в администрацию главы государства, где до 2012 г. занимал должность заместителя начальника Управления протокола президента РФ (управление возглавлял Сергей Соболев).
С 12 июля 2012 г. по 22 июня 2018 г. – начальник Управления президента РФ по обеспечению деятельности Государственного совета Российской Федерации.
С 22 июня 2018 г. по настоящее время - заместитель руководителя Федерального агентства по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом, и по международному гуманитарному сотрудничеству (Россотрудничество). Ведомство возглавляет Элеонора Митрофанова.
Член наблюдательного совета Российского международного олимпийского университета.
Сумма декларированного дохода за 2017 г. составила 5 млн 837 тыс. руб., супруги - 3 млн 761 тыс. руб.
Действительный государственный советник РФ I класса (2012).
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" IV степени, Почета, Дружбы (2007), Александра Невского (2019), медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" I степени. Дважды отмечен благодарностью президента РФ (2004, 2010).
Владеет английским и чешским языками.
Женат, один ребенок. Супруга – Александра Брюханова.