Родился 2 января 1970 г. в г. Сочи Краснодарского края.
В 1995 г. окончил юридический факультет Кубанского государственного университета.
Кандидат юридических наук. В 2006 г. в Институте государства и права РАН (Москва) защитил диссертацию на тему "Уголовное преследование и роль прокурора в его осуществлении".
С 1994 г. занимал различные должности в прокуратуре г. Сочи, был следователем, позднее - прокурором Хостинского района г. Сочи.
В 2006 г. перешел на работу в Администрацию президента РФ. С февраля 2006 г. по июнь 2008 г. – федеральный, главный федеральный инспектор по Краснодарскому краю аппарата полномочного представителя президента РФ в Южном федеральном округе. В 2008-2010 гг. работал в контрольном управлении Администрации президента РФ, возглавлял департамент контроля за реализацией послания президента и нацпроектов.
В августе 2010 г. перешел в Следственный комитет при прокуратуре РФ (СКП, с 2011 г. – Следственный комитет РФ). До мая 2011 г. руководил следственным управлением СКП по г. Москве.
С мая 2011 г. по февраль 2015 г. - руководитель Главного следственного управления Следственного комитета РФ по г. Москве.
С 6 февраля 2015 г. по 9 августа 2016 г. - заместитель руководителя Федеральной миграционной службы (ФМС, упразднена в 2016 г.). Главой ФМС в этот период был Константин Ромодановский.
В декабре 2016 г. Вадим Яковенко вернулся в Администрацию президента РФ, где занял должность главного федерального инспектора по Московской области аппарата полномочного представителя президента РФ в Центральном федеральном округе.
21 декабря 2018 г. назначен руководителем Федерального агентства по управлению государственным имуществом (Росимущество). Сменил на этом посту Дмитрия Пристанскова.
Входил в 2015-2016 гг. от правительства РФ в Трехстороннюю комиссию по регулированию социально-трудовых отношений.
Генерал-лейтенант юстиции (2012).
Действительный государственный советник РФ II класса (2015).
Женат. Супруга - Ольга Викторовна Яковенко (род. 1974).