В wxWidgets есть такая отличная штука, как wxDirTraverser.
Что это и с чем его едят? Официальная документация говорит нам вот что:

wxDirTraverser is an abstract interface which must be implemented by objects passed to wxDir::Traverse() function.
Как по мне, довольно странное описание %), ничего толкового мы из него не узнаем. Тогда идем смотреть описание wxDir::Traverse():
Enumerate all files and directories under the given directory recursively calling the element of the provided wxDirTraverser object for each of them.
Уже лучше, оказывается, объект wxDirTraverser вызывается для каждого найденного объекта в указанном каталоге. Поиск выполняется рекурсивно для всех подкаталогов.
Итак, чем нам может помочь эта информация. Из документации видно, что у класса wxDirTraverser есть методы, которые вызываются для каждого файла или подкаталога (соответственно OnFile() и OnDir()), в которые передается путь найденного файла или каталога. Это значит что, получая имя каждого файла, мы можем сразу же добавить этот файл в архив без необходимости получения списка всех файлов и подкаталогов в массив (как мы бы сделали при использовании wxDir::GetAllFiles()).
Как это реализовано, смотрим ниже:

Dir Travaerser:

#ifndef _WX_DIR_TRAVERSER_ZIP_H
#define _WX_DIR_TRAVERSER_ZIP_H

#include <wx/wx.h>
#include <wx/dir.h>
#include <wx/zipstrm.h>
#include <wx/filename.h>
#include <wx/wfstream.h>

class wxDirTraverserZIP : public wxDirTraverser
{
public:
	wxDirTraverserZIP(wxZipOutputStream & stream, const wxString & baseDir) 
		: m_Stream(stream), m_BaseDir(baseDir) { }

	virtual wxDirTraverseResult OnFile(const wxString& filename)
	{
		do
		{
			wxFileName newFileName(filename);
			newFileName.MakeRelativeTo(m_BaseDir);
			if(!m_Stream.PutNextEntry(newFileName.GetFullPath()))
			{
				break;
			}
			wxFileInputStream in(filename);
			if(!in.IsOk()) 
			{
				break;
			}
			m_Stream.Write(in);
			return wxDIR_CONTINUE;
		}
		while(false);
		return wxDIR_STOP;
	}

	virtual wxDirTraverseResult OnDir(const wxString& dirname)
	{
		return wxDIR_CONTINUE;
	}

private:
	wxZipOutputStream & m_Stream;
	wxString m_BaseDir;
};

#endif

Usage:

bool PackFolder(const wxString & srcFolderName, const wxString & zipFileName)
{
	do
	{
		wxFFileOutputStream out(zipFileName);
		if(!out.IsOk()) break;
		wxCSConv conv(wxT("cp-866"));
		wxZipOutputStream zip(out, 9, conv);
		if(!zip.IsOk()) break;
		wxDirTraverserZIP traverser(zip, srcFolderName);
		wxDir srcDir(srcFolderName);
		if(srcDir.Traverse(traverser, wxEmptyString) == (size_t)-1) break;
		return true;
	}
	while(false);
	return false;
}
...
// Pack the folder
if(!PackFolder(wxT("c:\\test"), wxT("c:\\some.zip")))
{
//Handle error here
}