東隆宮三年一科的「平安祭」（王船祭）醮期共七天，第一天是到鎮海里海邊「迎王駕」及「過神火」；第二天起連續四天「王駕出巡」，繞境東港鎮各區；第六天是王船「陸上行舟」繞境法會；第七天凌晨「送王」。其盛況規模為全省之最，其原因除了壯觀的王船，及參加的廟宇鎮眾多外，最主要的原因是其祭典科儀一直保持著清代祀典禮儀，並嚴格遵守老一輩所傳下來的規矩，帶著一份神秘莊嚴的氣氛，令學者及民俗工作者為之動情，想一窺究竟。

平安祭由十三項程序步驟所聚集而成：

   1. 角頭職務的輪任：

      東港的代天巡狩千歲爺共有五位，加上中軍府、溫府千歲共七位神祇，其七位千歲爺的神轎及王船船具，由東港七角頭轎班負責，於每科年剛辦完祭典三日後，抽籤決定下科年哪一個角頭負責擔任哪一位千歲的轎班。

   2. 造王船：

      民國六十二年，王船材質改為木材建造，建造費時，因此都提早在大科年的前兩年安龍骨開始建造。

   3. 中軍府安座：

      中軍府是千歲爺的前鋒，中軍府的安座代表神界以進入平安祭典的準備階段王船亦可以正式建造，安座時間原來是在前一年的農曆八月，而今為提早建造王船，東隆宮在王船安龍骨前，先恭請直年中軍府安座，以便督視王船的建造。

   4. 進表：

      進表的時間是在大科年的前一年，擺設天案，由大總理與各級總理代表全鎮，跪呈文恭請居於天河宮代天巡狩千歲屆時駕臨，最可貴的是，東隆宮保留著清代祀典科儀，進表就是其中之一。

   5. 設置代天府：

      千歲臨時駐蹕的行館稱為代天府，當東隆宮開始佈置代天府時，既是平安祭正式的揭幕，代天府的設置為請王的前一天，代天府設置完畢，中門及龍虎門用班頭的板杯叉籤，就此閒雜人等不得進入。

   6. 請王：

      正式祭典的第一天(農曆9月9日)：。請王儀式包括令牌開光、神靈下降、遊行。

   7. 過火

      過神火、王令安座、貼榜文及祀王。在王府戲台上懸掛36盞省份燈，每盞燈籠上書寫國民政府成立時，所設置的省及自治行政區之名稱，以應巡狩之意。

   8. 出巡遶境：

      正式祭典的第二天至第五天，神轎遊行，遊行時大部分走在神轎前面的乩童會起童。

   9. 祀王：

      迎王建醮必定設宴祀王，自王駕蒞臨安座，早晚各一次，直到恭送王駕離去為止，祀王是由大總理率同各級總理跪拜進食，所進獻的食品皆為素宴。

  10. 遷船：

      在送王的前一天下午舉行，當天下午在街道上可見許多攝影者，準備攝取王船遶境的壯觀鏡頭，遷船的目的之一，既能沿途收煞驅瘟，亦能讓老百姓頂香膜拜，接受各方的添載，待夜王船回到東隆宮，每戶會來交「替身仔」並添載。

  11. 和瘟押煞：

      王船添載的同時，廣場的另一端也正舉行「和瘟押煞」的儀式，奉請仙界高真勸阻五瘟使者、十二值年瘟神及各類瘟神疫役屆時隨千歲爺同乘王船離去，至於較頑劣的瘟煞役鬼則必須做一場押煞的武場一一押上法船。

  12. 宴王：

      王府內擺至了一百零八道的「滿漢全席」，由大總理一道道呈請千歲享用盛宴。

   13.送王：

平安祭典的第八天凌晨二點多各級總管恭請千歲上轎，準備到鎮海里海邊送王，王船到達定位後，一袋袋的金紙及各式添載將王船堆成矗立的雄姿王船兩側掛36盞省份燈，恭請王駕上王船，時辰一到，王船在沈香粉及金紙的助燃下，轉成熊熊烈火，而「無形」的王船以順風啟航。