Con los Reyes Católicos surgió la idea de la unidad religiosa en todos sus territorios y ya durante su reinado se comenzó a poner en práctica con la expulsión de los judíos en 1492. La siguiente religión iba a ser la islámica, pretendiéndose acabar con la convivencia pacífica que durante siglos había existido en Aragón entre las tres culturas.

En Castilla se obligó en 1502 el bautismo de todos los mudéjares, los que no lo hicieran serían desterrados. En Aragón, la medida se retrasó hasta el 8 de diciembre de 1525, reinando Carlos I, así que durante 1526 los antiguos mudéjares se vieron forzados a la conversión al cristianismo, aunque ésta se produjo pacíficamente.

El bautismo no mejoró su antigua condición social de mudéjar ya que continuó siendo una minoría marginada. De hecho la empeoró, ya que se negó a integrarse en la nueva religión. Esta negativa no tardó en arrastrar implicaciones políticas, llevando a la Iglesia y a la monarquía a considerarlo como un falso cristiano y un enemigo del Estado, por eso fue perseguido por la Inquisición.

Los moriscos siguieron manteniendo el mismo modo de vida que anteriormente con su condición de mudéjar. Seguían ocupando las mismas tierras de regadío del valle del Ebro y de los afluentes de la margen derecha, ocupando villas enteras o compartiéndolas con los cristianos. También seguían dedicándose mayoritariamente a la agricultura y la cerámica, sin embargo durante el siglo XVI decayó su prestigio como maestros de obras y como constructores de regadíos, que parece monopolizada por los cristianos viejos.

A los señores cristianos que tenían como vasallos a moriscos no les interesó su inserción, ya que siendo mudéjares debían pagar un impuesto por practicar su religión. Ahora, tras bautizarse, se suponía que los cristianos nuevos ya no tenían por qué pagar este impuesto, pero el hecho es que los señores mantuvieron sus antiguos privilegios suponiendo graves enfrentamientos con la población morisca. La segregación también se produjo en las ciudades ya que las anteriores aljamas se reconvirtieron en el concejo de los nuevos convertidos, que funcionaba de forma paralela al concejo tradicional de cristianos viejos.

Para el morisco, entonces, su situación había empeorado, seguía apartado de la sociedad cristiana y además le habían obligado a aceptar una religión que no deseaba. Por esta razón siguieron practicando su religión y sus costumbres en privado. Ésta fue la excusa para que se iniciaran las persecuciones de la Inquisición.