Родился 4 января 1894 года в деревне Черневичи Дисненского уезда. Отец, Осип Никифорович, был Дисненским мещанином, отставным фельдшером. Путешествовал по азиатским просторам Pосcии и Kитaя, но поселился в деревне Черневичи Дисненского уезда. Работал в местной и Блошниковской школе грамоты, был псаломщиком в Черневицком приходе, организовывал строительство новой церкви, занимался фельдшерским делом. Позже семья переехала в деревню Нарочь, что на Вилейщине. Поликарп Пугачевский поступил в Виленскую духовную семинарию. Из-за своего свободомыслия был уволен с 6-го класса и устроился в Волынскую семинарию, которую окончил в 1915 году. В сентябре 1915 года поступил на историко-филологический факультет Юрьевского университета. Проучился только один год. В сентябре 1916 года П. Пугачевский становится курсантом школы прапорщиков в Петергофе, по окончании которой был зачислен в Бузулукский запасной полк.

Весной 1917 года в составе 545-го Ахтырского полка 5-го стрелкового корпуса младший офицер Пугачевский принимал участие в боевых действиях под Двинском, Видзами, Сморгонью. Осенью 1917 года получил звание поручика и назначение на должность командира роты. Был избран членом полкового комитета солдатских депутатов. В начале 1918 года Пугачевский покинул армию. Жил в Тверской губернии, где исполнял обязанности секретаря Староносонского волостного исполнительного комитета, являлся членом Вышневолодского уездного исполкома. В октябре 1918 года Пугачевский призван в Красную Армию и назначен командиром взвода 3-го Осташковского запасного полка. С февраля 1919 года на Восточном фронте. Приказом командарма М.Тухачевского его переводят в маршевое подразделение, которое готовила пополнение для армии. В августе 1919 года Пугачевского назначают командиром отдельного батальона 1-й запасной дивизии, а с февраля 1919 года -- 6-го запасного полка 5-й армии. С сентября 1920 года П. О. Пугачевский заведующий строевого обучения повторных курсов среднего комсостава 5-й армии, командир 48-го запасного полка, помощник командира учебно-кадрового полка 35-й стрелковой дивизии, командир 314-го стрелкового полка 35-й дивизии. С марта 1922 года командир учебно-кадровой бригады 26-й дивизии. В течение следующих двух лет Пугачевский занимал должности командира полка, исполняющего обязанности командира и помощника командира 26-й, 35-й и 12-й стрелковых дивизий. После окончания высших академических курсов РККА в Москве в 1924 году, был назначен начальником Сибирских повторных курсов среднего комсостава в Иркутске. Здесь он женился на Анне Касьяновой, у них родился сын Георгий. В 1928 году курсы, которыми руководил Пугачевский, были реорганизованы в Иркутске курсы командиров пехоты. Их снова возглавил Пугачевский, который перед этим окончил Курсы усовершенствования высшего командного состава при Военной академии РККА имени М.Фрунзе.

Пять лет действовали Иркутской курсы, которые готовили командиров для Забайкальской группы войск, сибирского региона и Дальнего Востока. После закрытия курсов в июне 1933 года Пугачевский получил должность командира 20-й стрелковой дивизии. 25 августа 1935 года приказом народного комиссара обороны П. О. Пугачевский был назначен на должность коменданта Ленинграда. Приказом наркома обороны СССР 15 апреля 1936 года Пугачевскому было присвоено воинское звание комбрига. 17 декабря 1938 года Пугачевский был арестован в поезде Ленинград-Москва, по дороге на новое место работы. Он приговорен по "делу Тухачевского" к высшей мере наказания в феврале 1938 года. Свидетельство о смерти датировано 8 декабря 1939 года. Реабилитирован в 1956 году.