Порт Баку является самым старым портом Каспийского моря и действует на протяжении многих исторических лет на веку существования Азербайджана. Веками порт Баку служил связующим звеном между Востоком и Западом, параллельно с древнейшим Шелковым путем, а также транспортной линией Север-Юг, соединяя Северную Европу и Россию с Ближним Востоком и Южной Азией. По истечении времени данный путь был использован российскими, европейскими, индийскими и другими иностранными торговцами. В 1703 году более 20 индийских караванов путешествовали вдоль маршрута из Ардебиля в Баку и экспортировали шелк, масло, рыбу, меха, медь, лошадей, натуральные красители, икру и кожаные изделия.
В середине пятнадцатого века, был установлен новый торговый путь между торговыми путями Волга-Дона и Каспийского моря, который связывал Восточную Европу и Индию. Данные исторические факты обуславливают эпохальность сегодняшнего порта Баку в торговле в Каспийском регионе, а также демонстрирует важность в качестве крупнейшего центра в широкой международной морской торговле. Официальные исторические данные морского порта Баку возвращаются корнями в далекий 1564 год, хотя морская торговля была одним из основных направлений занятости города и в предыдущие века. В 1564 году, по указу императора Сефевидов Шаха Тахмасиба I, Шейх Захид был назначен первым министром порта Баку.
17 сентября 1854 года по указу российского императора Николая I порт Баку был преобразован в военно-морской порт. С того времени, порт Баку начал функционировать не только как торговый порт, но и как военный центр, с целью защитить морские границы от зарубежного вмешательства. С 1858 года в порте Баку были дислоцированы корабли Каспийской флотилии Российской империи. Глубина прибрежных вод, благоприятные погодные условия и ближайшее расположение месторождений нефти превратили местонахождение порта в наиболее предпочтительную военно-морскую базу.
Строительство современного Порта Баку началась в середине 19-го века, во времена Российской империи. Официальное открытие самоуправляющегося порта состоялось в 1902 году. Наш порт стал одним из ведущих портов в мире и крупнейшим портом Российской империи, как в плане грузовых перевозок, так и по осуществлению транспорта пассажиров. Различные типы сухих грузов, таких как хлопок, фрукты и сахар, были одними из основных торговых грузов в порте Баку и других портах Каспийского моря, таких как Астрахань, Красноводск (ныне Туркменбаши), Петровск (ныне Махачкала) и иранских портов. Еще в 1900 году, ежегодный грузопоток составлял 6,5 млн. тон (400 млн. русских "пудов"), а также в 1912 году порт обслужил в общей сложности 157,779 пассажиров. Российская Империя также воспользовалась транзитным потенциалом порта Баку, объем которого составил около 38,1 млн. 'пудов', и проходил через порт Баку в качестве транзитного грузопотока.
В результате нефтяного бума с июня по август 1920 года, в порте Баку были произведено колоссальное количество строительных работ, с целью обеспечить безопасный проход нефтяным танкерам. С 1923-го года по 1924 год, торговля через порт Баку составляла 27,3% от общего объема грузовых перевозок по всему Советскому Союзу. Это превратило порт Баку в ведущий порт Советского Союза.
Порт Баку также принял архиважное участие в охране государственных границ во время Второй Мировой Войны. В течение очень короткого периода времени с порта Баку было отправлено огромное количество грузов, которые направлялись на линию фронта и были доставлены своевременно. В 1942 году, в течение трех месяцев объем грузоперевозок выросли более чем в два раза и достигли показателей от 187200 до 445800 тонн.
После Второй Мировой Войны для того, чтобы восстановить прежнее состояние порта Баку, необходимо было произвести обширные строительные работы. В 1963 году был введен в эксплуатацию новый паромный терминал, а затем последовало строительство специализированного причала для пассажирских перевозок. Уже в 1972 году было завершено строительство нового здания пассажирского терминала.
После обретения независимости Азербайджанская Республика установила тесные экономические отношения с соседними странами. В 1998 году в городе Баку состоялась международная конференция на тему "Исторический Шелковый путь", с целью возродить этот древнейший торговый путь и создать основу для дальнейших интеграционных процессов с вовлеченными странами.
Президент Ильхам Алиев определил, что одним из основных задач государственной политики должна быть использование транзитного потенциала страны, указывая на порт Баку в качестве ключевого стратегического проекта в диверсификации экономики, который станет основным проектом не-нефтяного сектора, генерирующий второй наибольший удельный вес доходов бюджета. 18 марта 2015 года по указу президента Ильхама Алиева, порт Баку был реорганизован в закрытое акционерное общество (ЗАО). В настоящее время порт Баку предпринимает устойчивые и эффективные шаги, с целью стать региональным транспортно-логистическим центром Евразии. Новый порт в Аляте сейчас находится в стадии строительства. К концу третьего этапа строительства, новый порт станет крупным грузовым портом региона с мощностью обработки около 25 млн. тон груза и до 1 млн. TEU в год.