本院組織系統係依據「會榮民醫院組織規程」訂定，分為行政部門及醫療部門，行政部門計有秘書室等七室，醫療部門計有內、外科部等三部三十科。
1.行政部門
秘書室、人事室、會計室、政風室、社會工作室、醫務企管室、職業安全衛生室。
2.業務部門
外科部、內科部、護理部、胃腸科、腎臟科、心臟內科、神經內科、胸腔內科、一般內科、新陳代謝科、血液腫瘤科、骨科、胸腔外科、整形外科、泌尿外科、一般外科、神經外科、麻醉科、精神科、家庭醫學科、高齡醫學科、放射線科、病理檢查科、藥劑科、營養科、急診醫學科、小兒科、婦產科、眼科、耳鼻喉科、皮膚科、復健科、牙科等三部三十科。
3.組織圖
