Olancho fue durante mucho tiempo la región más rica de Honduras debido a su producción ganadera. Esto le proporcionaba una gran influencia comercial y política dentro del gobierno de la república.

Por esta influencia comercial; se daban ocasionalmente en el departamento, luchas de orden político. El 7 de diciembre de 1864 la detención de un diputado de apellido Rosales ocasionó una rebelión en contra de las autoridades máximas del departamento y del gobierno central.

Liderados por los coroneles: Barahona, Zavala, y Antúnez más de mil rebeldes marcharon con rumbo a Tegucigalpa en 1865. Ante esta situación el entonces presidente de la república, General José María Medina, organizó una expedición militar y se puso al frente de ésta, para contrarrestar a los rebeldes.

Al final del enfrentamiento, Medina y sus hombres se impusieron sobre los sublevados, capturando a los cabecillas a quienes fusiló, decapitó y enterró. Varios de los pueblos y aldeas del departamento fueron incendiados y sus habitantes, muchos de ellos rebeldes, fueron fusilados o muertos en combate.

Después de este hecho; hubo muchas deportaciones y un éxodo masivo de olanchanos hacia otras partes del país dejando al departamento con una población disminuida. Manto perdió su título de cabecera departamental, la cual fue trasladada a Juticalpa.

Tres años más tarde, en 1868 el mozo Serapio Romero, conocido como Cinchonero, se levantó en Juticalpa junto a un grupo de hombres; en contra del mayor de la plaza: Nazario Garay. Ambos hombres sostuvieron un duelo a machetazos, terminando vencedor Serapio Romero.

Luego, desafiando al gobierno central, el 'Cinchonero' desenterró las cabezas de los coroneles Barahona, Antúnez y Zavala y les rindió un homenaje póstumo. A esta nueva rebelión, el gobierno respondió enviando un contingente militar, quienes terminaron venciendo, capturando y decapitando a Serapio Romero. Después de esto hechos sangrientos, Olancho pasó a ser un departamento casi despoblado y por ende, tranquilo.

Este departamento fue creado el 28 de junio de 1825. En el año de 1869, el territorio de Olancho fue reducido, debido a que el municipio de Danlí paso a formar parte del departamento de El Paraíso.