جشنواره بین‌المللی پژوهشی شیخ طوسی از فعالیت‌های ویژه پژوهشی جامعة­المصطفی العالمیة است که در راستای تحقق اهداف و سیاست­های پژوهشی مندرج در اساسنامه و منشور المصطفی در جهت تربیت محققان، تبیین و تولید دانش دینی، قرآنی و توسعه نظریه های اسلامی در زمینه های گوناگون و حمایت از فرایند تولید علم دینی براساس نیازها و انتظارات جهانی، همه ساله برگزار می‌گردد. این جشنواره خاستگاه و بستر مناسبی برای شناسایی، معرفی و تقدیر از پژوهشگران و نوآوران پژوهشی برتر در المصطفی، می‌باشد

نظر به اهمیت قرآن، به عنوان منبعی خطاناپذیر در تولید علم و نظریه پردازی و به ویژه در عرصه علوم انسانی ـ به عنوان نرم افزار مدیریت، تحول و شکوفایی جامعه ـ در طول قرون گذشته و با توجه به کاستی ها، خطاها و انحرافات علوم انسانی رایج در مدیریت شایسته جوامع بشری، در جوامع اسلامی، اسلامی سازی این علوم بویژه ابتنای مجدد آن بر مبانی قرآنی، مورد توجه بیشتر قرار گرفته

گفتگوی ادیان تلاشی است هدفمند برای یافتن مشترکات میان ادیان بر مبنای خرد و عقلانیت در مسیر فهم و درک متقابل که به عهده ی دینداران و دین شناسان خردورز گذارده شد. به همین منظور جامعه المصطفیصلی الله علیه و آله و سلم به عنوان مهم ترین سترگ آموزش دینی بین المللی این مهم را به عهده گرفته است. به همین منظور دبیرخانه گفتگوی ادیان در سال 96 با رویکرد علمی پژوهشی با محوریت پژوهشگاه بین المللی المصطفی و با عضویت مدیران ارشد المصطفی راه اندازی شده است.

بی تردید جامعه المصطفی با بیش از 30 سال سابقه آموزش زبان فارسی به غیر فارسی زبانان، خدمات ارزنده و بی مانندی را در راستای نشر و گسترش این زبان داشته است و تا کنون به آموزش بیش از 100 هزار نفر همت گماشته است. در این راستا، ماموریت ثبت و مستندسازی فعالیت ها و تلاش های صورت گرفته به همراه ترسیم وضعیت موجود، امکانات و تحلیل شیوه های آموزشی در دستور کار پژوهشگاه بین المللی المصطفی صلی الله علیه و آله و سلم قرار گرفته است.

برای ثبت خاطرات، اطلاعات و تجربیات ذی قیمتی که این مبلغان و مدرسان در طول سفرهای خود اندوخته اند، مسئولان المصطفی(ص) تصمیم گرفتند تا طرحی را با عنوان مستندسازی تجربیات مدیران اعظامی اجرا کنند که در واقع تاریخ شفاهی المصطفی(ص) است. تا کنون در این طرح با بیش از 70 مامور اعزامی، 200 ساعت مصاحبه صوتی و تصویری انجام گرفته است

این طرح در سه مرحله با دو روش تاریخی و توصیفی به توسعه، تطور و چشم انداز آموزش در جامعه المصطفی می پردازد. این مراحل سه گانه بدین شرح اند:
اول: توصیف وضعیت گذشته و حال آموزش در جامعه؛
دوم: تجزیه و تحلیل اسناد؛
سوم: ارائه پیشنهادها و ترسیم چشم انداز

یکی از فعالیت های بی بدیل پژوهشگاه بین المللی المصطفی صلی الله علیه و آله و سلم نگارش دانش نامه ها می باشد. در واحد دانش نامه نویسی این مرکز سه دانش نامه ارزشمند در حال تالیف می باشد که عبارتند از:
دانش نامه اسلامی کشاورزی؛
منابع طبیعی و محیط زیست؛
دانش نامه نماز جمعه؛
دانش نامه امام رضا علیه السلام؛

طرح«نیازسنجی نظام موضوعات پژوهشی» با هدایت و همکاری شورای علمی پژوهشگاه و نظرخواهی از گروه های علمی پژوهشی و آموزشی، اساتید، مدیران(ستادی و صفی)، کارشناسان و طلاب صفوف داخل و خارج به تبیین و دسته بندی موضوعات اولویت دار و مورد نیاز پژوهشی می پردازد.